【R语言】给富集分析的气泡图加个好看的配色

Python018

【R语言】给富集分析的气泡图加个好看的配色,第1张

写在前面

ggplot2是一款风靡全球的绘图R包,可惜的是,我对它的理解只能到入门的水平,本着在实战中学习的理念,我就搜索一下往后可能用得到的图,进行揣摩和优化,然后我发现了一个师兄的公众号,遂跟着这个师兄学习R绘图。公众号在文末。

这当然无法达到我们发文章的要求,需要对其进行美化一下。

美化后的效果:

对上述几个参数进行解读:

参考链接:

1.绘图 https://mp.weixin.qq.com/s/n6TZoEADyDFcGzSzoGxlsg

2.paletteer documentation: https://www.rdocumentation.org/packages/paletteer/versions/1.4.0

3.grDevices documentation: https://astrostatistics.psu.edu/su07/R/html/grDevices/html/palettes.html

离散型变量系列:

配色确实有那味了,但是没想到内置的颜色不够用,可能通路少一点会好。

连续型变量系列:

然后我发现,不管添不添加配色,都是和默认的配色保持一致,目前猜测可能是颜色不够导致的。

后记2

1.ggsci https://www.rdocumentation.org/packages/ggsci/versions/2.9

2. https://stackoverflow.com/questions/43359050/error-continuous-value-supplied-to-discrete-scale-in-default-data-set-example

调色板有3种类型:连续型调色板、离散型调色板和定性调色板。

绘图应用[1]

Wes Anderson,电影导演韦斯·安德森,善于运用色彩。

最欣赏的一点是他以色调和对称构图来讲述惟妙惟肖的故事情节,而不是使用过多复杂花哨的拍摄方式诠释自己的才能。 [1]

绘图应用[2]

可以使用函数rainbow(n), heat.colors(n), terrain.colors(n), topo.colors(n)和cm.colors(n)生成n个连续颜色的向量

绘图应用[3]

绘图应用[4]

参考资料:

本系列课程要求大家有一定的R语言基础,对于完全零基础的同学,建议去听一下师兄的《生信必备技巧之——R语言基础教程》。本课程将从最基本的绘图开始讲解,深入浅出的带大家理解和运用强大而灵活的ggplot2包。内容包括如何利用ggplot2绘制散点图、线图、柱状图、添加注解、修改坐标轴和图例等。

本次课程所用的配套书籍是: 《R Graphic Cookbooks》

除了以上的基本图形外,师兄还会给大家讲解箱线图、提琴图、热图、火山图、气泡图、桑基图、PCA图等各种常用的生信图形的绘制,还不赶紧加入收藏夹,跟着师兄慢慢学起来吧!

柱状图可能是最常用的一种数据可视化。它们通常用于显示数值(在y轴上),用于显示不同类别的数值(在x轴上)。例如,柱状图可以用来显示四种不同商品的价格。柱状图通常不适合显示一段时间内的价格,因为时间是一个连续的变量。

在制作柱状图时,您应该注意一个重要的区别:柱状图的高度有时表示数据集中的案例数,有时表示数据集中的值。记住这一区别——这可能会引起混淆,因为它们与数据的关系非常不同,但两者使用相同的术语。

拓展: position参数: 此处的position主要是指对图像的微调,最常见的应用是在分组的柱形图(bar)中,因为分组的柱形图会产生组内堆积和不堆积两种主要效果。