【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图

Python022

【R语言编程】---利用三代测序绘制菌群聚类热图与物种丰度图,第1张

前言： 仍然是三代测序数据的分析，宏基因组的文章中经常出现聚类热图和物种丰度图，用来直观地识别与某些疾病或者表型相关的菌群构成。

1.读取数据

一共有11个样本，每一个样本的测序reads都经过Nanopore官方的Epi2Me程序鉴定了物种，下表中第一列是被鉴定的菌种，第二列是该样本中每个物种产生的reads数目。

首先导入到R语言中，合并所有样本到一个数据框：

2.绘制热图

经过上一步，我们得到了列名为样本，行名为菌种的reads数据框，然后就可以绘制热图，进行聚类分析了：

绘制结果：

3.绘制物种丰度图

丰度图，其实就是堆积图，把每个样本的reads数目转换为百分数，然后作图就可以了：

绘制结果：

前言：接上一篇，很多文献中为了更直观的展示一个微环境中的菌群分布，常常将样本聚类与物种丰度同时展示。

1.数据结构

首先需要准备丰度数据表Abundance.txt和分组信息group.txt

丰度数据以样本为列名，以菌种为行名：

分组信息以列出了每个样本属于病例/对照组：

3.再画丰度图

丰度图其实就是堆叠图：

4.结果展示

分析思路

1 merge获得总细菌信息，结合样品数信息，制作细菌样品矩阵/表，0填充

2 利用循环统计每对配对样品的细菌呈现情况（是否贡献），丰度都大于0的细菌记为1，否则仍是0

3 获得总细菌样品呈现表，统计每个细菌的总共现次数

4 对前10绘制柱形图

参考：

Discordant transmission of bacteria and viruses from mothers to babies at birth. Microbiome 2019