主题：请教R语言怎样添加趋势线

Python065

主题：请教R语言怎样添加趋势线,第1张

在excel图表中添加趋势线”的操作步骤是：

1、以Excel 2016为例，打开Excel工作表；

2、根据数据生成的散点图，图表没有返回数据之间的关系，需要在图表中根据数据点生成趋势线；

二重积分∫∫f(x,y)dxdy的几何意义是以积分区域D为底，以曲面z=f(x,y)为顶的曲顶柱体的体积。本题中被积函数f(x,y)=z=(4-x^2-y^2)^(1/2)，整理得x^2+y^2+z^2=4（z>0），也就是球心在原点，半径为2的上半球面，而积分区域D为xoy平面上圆心在原点，半径为2的圆。因此由z=f(x,y)和D确定的曲顶柱体就是上半球，其体积=(1/2)(4π/3)(2^3)=16π/3，也就是此积分的结果。

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一般的VCF文件都很大，用手动提取里面的信息肯定不大现实。用 vcfR 就可以轻松实现。

vcfR 自带测试文件 vcfR_test 。就用这个文件来操作一下吧。

在分区 Genotype 里，通过观察 FORMAT 列可以看到一共有四种类型的数据 GT:GQ:DP:HQ ，至于这四种类型的数据个各自代表什么意思大家可以查阅知乎百度谷歌。我们可以提取出我们想要的数据类型。比方说最重要的 GT (genotype)。

同样，我们也可以提取例如 DP (测序深度Read Depth)的数字矩阵。

值的注意的是这里用到了参数 as.numeric = TRUE 使得数据自动转换成了数字。但是并不是对所有类型的数据都有效，比方说我们重复一下提取 gt 。

在没有任何报错的情况下 gt 变成了一堆毫无意义的数字，很明显不合理，不要用这些经过错误转换的数据进行下一步分析，比方说喜闻乐见的主成分分析。

在一些类型的数据里可能会出现一个以上的结果，比方说上面的 HQ 数据。

一般情况下我们只需要每一列的第一个数字

不需要samtools之类的软件我们也可以实现vcf数据读取自由，关键是可以直接写入内存进行下一步的统计分析和数据可视化，个人感觉是很有效的提高了生产力。值得花时间学习一下这个工具。