vcf文件转换为maf格式

Python051

vcf文件转换为maf格式,第1张

假设已经安装了VEP软件，对自己的vcf进行了注释，然后就可以进行转换：

https://github.com/mskcc/vcf2maf

安装GitHub上面的小工具

cd~/biosoft/vcf2maf/

exportVCF2MAF_URL=`curl -sL https://api.github.com/repos/mskcc/vcf2maf/releases | grep -m1 tarball_url | cut -d\" -f4`curl-L-omskcc-vcf2maf.tar.gz$VCF2MAF_URLtar-zxfmskcc-vcf2maf.tar.gzcdmskcc-vcf2maf-*

mv* ../ perl ~/biosoft/vcf2maf/vcf2maf.pl--man

突变软件call出突变之后，一般是VCF的格式，通常要把不同的病人的VCF文件整合成一个maf文件，其中maf文件的格式可以参考TCGA给出的maf格式【1】.

利用vcf2maf【2】 进行maf和vcf之间的转换。

1、maf转成vcf文件

参考文献：

【1】maf格式说明： https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/MAF_Format/?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg

【2】 vcf2maf： https://github.com/mskcc/vcf2maf

～～～外完待续～～～～