R语言安装DESeq2包

Python09

R语言安装DESeq2包,第1张

DESeq2用来处理转录组数据。那么先来完成第一步:安装。

1、传统方式安装

麻蛋,报错了!!!!为什么受伤的总是我。

2、开启查阅资料模式,然后得到的结论是这个包的安装需要利用BiocConductor或者BiocManager。

但是根据网上大神们的分享,尝试了各种方法。报错越来越多,并且越来越看不懂。

最后决定直接进入DESeq2的package官网上看吧。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html

3、最后按照Bioconductor指示安装,成功。

WINDOWS版的配置

第一步:安装rJava和jdk

install.packages("rJava")

配置好java

第二步:设置环境变量 ,涉及java调用R(我的电脑右键-属性-高级设置-环境变量)

CLASSPATH=D:\soft\R-3.0.1\library\rJava\jri

PATH=D:\soft\R-3.0.1\bin\x64

R_HOME=D:\soft\R-3.0.1

第三步:D:\soft\R-3.0.1\library\\rJava\jri的3个类包, 复制黏贴,

放到C:\Program Files\Java\jdk1.7.0_05\lib下面

JRIEngine.jar

JRI.jar

REngine.jar

即可实现 library(rJava)

1、通过选择菜单:程序包->安装程序包->在弹出的对话框中,选择你要安装的包,然后确定。

2、使用命令

install.packages(package_name,dir)

package_name:是指定要安装的包名,请注意大小写。

dir:包安装的路径。默认情况下是安装在..\library 文件夹中的。可以通过本参数来进行修改,来选择安装的文件夹。

3、本地来安装

如果你已经下载的相应的包的压缩文件,则可以在本地来进行安装。请注意在windows、unix、macOS操作系统下安装文件的后缀名是不一样的:

1)linux环境编译运行:tar.gz文件

2)windows 环境编译运行 :.zip文件

3)MacOSg环境编译运行:.tgz文件

注:包安装好后,并不可以直接使用,如果在使用包中相关的函数,必须每次使用前包加载到内存中。通过library(package_name)来完成。 包安装后,如果要使用包的功能。必须先把包加载到内存中(默认情况下,R启动后默认加载基本包),加载包命令:

Library(“包名”)

Require(“包名”) 1、查看包帮忙

library(help=package_name)

主要内容包括:例如:包名、作者、版本、更新时间、功能描述、开源协议、存储位置、主要的函数