2、矩阵是一个二维数组，每个元素都拥有相同的模式，可通过函数matrix()创建矩阵。
3、数组是一个可以在两个以上维度存储数据的数据对象。例如，如果创建尺寸(2,3,4)的数组，那么就是创建4个矩形矩阵每个2行3列。数组只能存储数据类型。
4、矩阵和数组一样都只能包含一种数据类型，当有多种模式的数据时，使用数据框就更为方便。数据框可以用函数data.frame () 创建。
5、$ 被用来选取一个给定数据框中的某个特定变量。
6、attach()绑定数据集，detach()解除数据集。
7、with：attach，detach最好在单独的数据框内使用，在多个同名对象最好不要使用，函数with()，可以再具有多个同名对象的数据框内使用，但是必须加入花括号{}，这样就无须担心名称冲突了，但是它也有局限性，赋值仅在此函数的括号内生效。
8、列表是一些对象的有序集合。
9,、数据导入 read.table()，其中header = T，代表第一行为变量名称，不作为数据，header = F相反。sep代表数据分隔符，txt为"\t",csv为","。
10、table函数，用 table() 函数统计因子各水平的出现次数（称为频数或频率）。
>sex = c("女","女","女","男","男")
>table(sex)
>sex
男 女
2 3
求众数
>aim = table(sex)[table(sex)==max(table(sex))]
>aim
女
3
> max(table(sex))
[1] 3
> table(sex)==max(table(sex))
sex
男 女
FALSE TRUE
11、 无尺度网络： 是指在某一复杂的 系统 中，大部分节点只有少数几个连结，而某些节点却拥有与其他节点的大量连结。这些具有大量连结的节点称为“集散节点”，所拥有的连结可能高达数百、数千甚至数百万。这一特性说明该网络是无尺度的，因此，凡具有这一特性的网络都是无尺度网络。
12、options(stringsAsFactors = F)
#在调用as.data.frame的时，将stringsAsFactors设置为FALSE可以避免character类型自动转化为factor类型。
13、class()：查看数据结构：vector、matrix、array、dataframe、list。
14、str()：作用用英语来表示是：check classification of viriables,一般用于检查数据框当中有哪些数据。
15、mode() ：查看数据元素类型。
16、typeof() ：查看数据元素类型，基本等同于mode（），比mode()更为详细。
17、example()：假设有一个函数foo，example("foo")，函数foo的使用示例。
18、apropos()：列出名称中含有foo的所有可用函数。apropos("foo",mode="function")。
19、data()：列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集。
20、ls()：列出当前工作空间中的对象。
21、rm()：移除（删除）一个或多个对象。
22、history(#)：显示最近使用过的#个命令（默认值为25）。
23、options()：显示或设置当前选项。有一个收藏文件有介绍options的功能。
24、boxplot()：生成盒型图。
25、sum()：计算和。sum(x,na.rm = TRUE)。
26、median()：计算中位数。
27、cbind()：以列结合变量。cbind(x,y,z)。
28、rbind()：以行结合变量。
29、vector()：以向量形式结合数据。vector(length = 10)。
30、rep()：以矩阵形式结合数据。rep(c(1,,2,3),each = 10)
31、seq()：生成一个有序的数列。seq(1,10)。
32、dim()：矩阵或者cbind输出的维数。dim(Mydata)。
33、scan()：从ascii文件中读取数据。scan(file = "test.txt")。
34、write.table()：把一个变量写入到ascii文件。write.table(Z,file = "test.txt")。
35、order()：确定数据的顺序。order(x)。
36、merge()：合并两个数据框。merge(x,y,by = "ID")。
37、str()：显示一个对象的内部结构。str(Mydata)。
38、factor()：定义变量作为因子。factor(x)。
39、tapply()：tapply(X = Veg$R,INDEX = Veg$Transect,FUN = mean).tapply函数根据第二个变量(Transect)的不同水平对第一变量(R)进行了求平均值运算。还可以求sd，var，length等操作。R语言初学者指南P75详细介绍了这个函数。
40、下一页介绍了sapply和lapply。
41、summary()：计算基本信息。
42、table()：计算列联表，统计因子各水平的出现次数(频数或频率)。table(x,y)。
43、plot()：y对x的图形。pch形状，col颜色。
44、par()：par(mfrow = c(2,2),mar = c(3,3,2,1))
mfrow生成一个具有4个面板的图形窗口。mar选项指定每个图形周围空白的大小，底部、左侧、顶部、右侧。
45、paste()：将变量连接成字符串。paste("a","b",sep = "")。
46、log()： log = "x",log = "y",log = "xy",生成对数轴。
47、%in%：
a<-c(1,3,13,1443,43,43,4,34,3,4,3)
b<-c(1,13,11,1313,434,1)
a%in%b
# 返回内容#
[1] TRUE FALSE TRUE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE
# 取反操作
!(a%in%b)
48、sort()函数是对向量进行从小到大的排序
rank()函数返回的是对向量中每个数值对应的秩
order()函数返回的值表示位置，依次对应的是向量的最小值、次小值、第三小值……最大值等（位置索引）
arrange()函数（需加载dplyr包）针对数据框，返回基于某列排序后的数据框，方便多重依据排序。
49、subset()： df <- data.frame( a = 1:10, b = 2:11, c = 3:12 )
df <- subset(df, select = c(a,c)) #选取列a和c
df <- subset(df, select = -c(a,c) ) #去除列a和c
r语言找不到对象geneexp，原因和解决方法如下。cor.test(x, ...)## Default S3 method:
cor.test(x, y,
alternative = c("two.sided", "less", "greater"),
method = c("pearson", "kendall", "spearman"),
exact = NULL, conf.level = 0.95, continuity = FALSE, ...)
## S3 method for class 'formula'
cor.test(formula, data, subset, na.action, ...)
根本没有
cor.test(first,second,data= weightBJ_data)
这种调用方式，所以不识别对象first,second
你可以用
attach(weightBJ_data)
cor.test(first,second)
#或者
cor.test(weightBJ_data$first,weightBJ_data$second)
#或者
cor.test(weightBJ_data[,1],weightBJ_data[,2])
你用过attach(weightBJ_data)之后
first才能识别，但应该是没有逗号的。
first[2]
R语言支持的数据类型数值型（numeric）
复数型（complex）
逻辑型（logical）
字符型（character）
R语言的数据对象类型包括：
标量（Scalar）
向量（Vector） ：一个向量只能有一种数据类型
因子（Factor）：一个因子只能有一种数据类型
矩阵（Matrix） ：一个矩阵只能有一种数据类型
数组（Array） ：一个数组里面的每个元素只能有一种数据类型，不同元素的类型可以不同
列表（List） ：允许不同的数据类型
数据框（Data frame）：不同的列的数据类型允许不同
查看数据特征：
