有人这么描述转座子：基因组从出现就一直在经历一场和转座子及逆转录病毒的战争。真核生物的基因组到处是这场战争留下的疤痕，比如人类的基因组有45%的内容都跟转座子有关。
起源问题留给更专业的人来回答，要说到存在的意义，我来讲几个植物里的故事吧。
1. 转座子和孟德尔的豌豆
大家应该都记得孟德尔豌豆的黄圆绿皱吧？其中「皱」这个性状就和转座子有关，这个研究在1990年1月发表于《Cell》杂志「2」。我们当年再学高中生物的时候，一般把这个位点称为R/r, 它代表「皱」（rugosus）, 它是隐形的，所以只有当两个等位基因都是r的时候，表型才会是「皱」。控制这个性状的基因是一个淀粉分支酶 (starch-branching enzyme, SBEI)，这个基因被克隆后，发现在表型为「皱」的rr植物里，这个基因都有一个0.8kb的转座子插入，这个转座子和玉米里的Ac/Ds比较类似。这个插入就会导致淀粉分支酶SBEI失活，从而影响到种子里淀粉，脂类，以及蛋白质的代谢, 最终导致了「皱」的表型。
黑色部分就是转座子的插入。
2. 转座子与酿酒葡萄：卡本内 (Cabernet),霞多丽（Chardonnay）和奥山红宝石(Ruby Okuyama)
葡萄的颜色主要是由花青素 (anthocyanins)决定的，而花青素的合成主要由一些Myb相关基因控制，比如VlmybA1-1, VlmybA1-2, VlmybA2。关于葡萄颜色的研究又是一篇Science
我们把紫色的卡本内 (Cabernet)当作野生型来看的话，一个叫做Gret1的LTR反转录转座子插入了这个Vvmby1A基因,这个功能缺失突变就导致了绿葡萄的产生，比如霞多丽 (Chardonnay)。 之后的一次Gret1的重排事件导致了表型的部分恢复，这个事件就导致了另一种红颜色葡萄的出现，比如奥山红宝石 (Ruby Okuyama)。
