，即主坐标分析（Principal Coordinates Analysis），是一种 用于研究样本微生物群落组成相似性或差异性 的数据降维分析方法。PC1 和PC2 是两个主坐标成分，图中每个点代表一个样本，点的颜色代表样本的分组，样本间的距离越近代表微生物群落结构越相似。图中圆圈一般是置信水平为95%时的置信椭圆，用于比较组间的群落结构组成相似性。
可以通过手动设置坐标轴的边界值的方法还实现，步骤如下：1、右击要设置的坐标轴，选择【设置坐标轴格式】2、在【坐标轴选项】设置区找到【边界】。3、根据实际要求分别设置【最小值】【最大值】即可。4、坐标轴边界值默认根据数据值生成。如数据中无小于0的数据，一般【最小值】默认是0，可以通过以上方法，手动设置为负数。许多R 的高级图形自身就含有坐标轴，此外你可以用低级图形函数axis() 设置你自己的坐标轴。坐标轴主要包括三个部分：轴线（axis line）(线条格式由图形参数lty控制)，刻度（tick mark）(划分轴线上的刻度) 和刻度标记（tick label）(标记刻度上的单位)。这些部分可以通过下面的图形参数设置。lab=c(5, 7, 12) 前两个参数分别是x 和y 轴期望的刻度间隔数目。第三个参数刻度标记的字符长度（包括小数点）。这个参数设的太小会导致所有的标记变成一样的数字。las=1 刻度标记的方向。0 表示总是平行于坐标轴，1 表示总是水平，以及2 表示总是垂直于坐标轴。mgp=c(3, 1, 0) 三个坐标成分的位置。第一个参数是轴标签相对轴位置的距离，以文本行作为参照单位的。第二个参数表示刻度标记的距离，最后一个参数是轴位置到轴线的距离(常常是0)。正值表示在图形外，负值表示在图形内。tck=0.01 刻度的长度，以画图区域大小的比率作为度量。当tck 比较小(小于0.5)，x 和y 轴上的刻度强制大小一致。值为1时，给出网格线。负值时刻度在图形外。tck=0.01 和mgp=c(1,-1.5,0)表示内部刻度。xaxs="r"yaxs="i" 分别设定x 和y 轴的形式。"i" (内在的) 和"r" (默认) 形式的刻度都适合数据的范围，但是"r" 形式的刻度会在刻度范围两边留一些空隙(S 还有一些在R 里面没有实现的刻度形式)。
