这个问题有两个考虑：
如果是外部加载的js， 也就是通过src加载的外部js， 这种方式调用的js之所以要放到底部是因为浏览器渲染网页是从上往下，页面是用户能看到的也能直观感受到的，而js代码是用户看不到的，属于“幕后”的东西， 把“幕后”的东西放到最下面，那么用户能看得见的页面加载速度就会更快，让用户感觉页面打开速度很快，提高用户体验。
js一般会用于对页面DOM的操作，如果将js代码放到页面顶部， 基于浏览器从上往下加载的机制，有可能被操作的DOM节点还未加载完毕，JS就去操作DOM了，这明显会导致出错，放到页面底部会保险一些。
主要考虑是第一条， 第二条现在为了百分百保证DOM树渲染完毕执行JS， 基本都用load检测了。
因为css是要在网页渲染外观的时候就要调用的，所以要预先调入内存，因此放在头部。而js因为有可能（可以说是很有可能）需要调用网页DOM结构中的元素，所以必须等HTML的整个DOM结构都调入内存后才开始运行（否则就很可能因为无法找到元素而出错），所以要放在底部。但是最好或者说最标准的用法是把js代码放入window对象的onload事件中，这样就可以把整个js代码放到网页的任何位置了（包括头部）。就类似这样：
<script>
window.onload=function(){
//要运行的js代码放在这
}
</script>
JS可以放在页面的任意位置，推荐放在底部，主要原因有：
JS的加载会阻塞其它内容的加载，就是页面要等待JS下载完成，解析运行完成才能继续加载其它内容，JS放在页面开始，如果网速慢或JS复杂，会造成长时间页面空白，用户体验不好。
JS一般会对DOM树进行操作，放在页首，DOM元素还没有加载完，一般还是要在onload等事件中运行JS，放在页尾，DOM树已经完成，可以直接运行。
