R语言 RDA分析(去冗余物种)

R语言 RDA分析(去冗余物种)

也做了挺多次RDA分析,自己现在小结一下RDA分析流程: 就我个人而言,虚线前面都是不太经历的步骤,我一般不会主动删去样品的环境信息,因为我接触的菌群这块本来就没有什么多余的环境信息-_-||,所以我的重点放在怎么去除多余OTU或菌群上
Python160
r语言 plot设置刻度

r语言 plot设置刻度

解决这个问题的方法如下:1、首先在R中,plot函数作图时会自动给出xy轴的刻度标度。2、然后有时需要自己定义xy轴的刻度,这时可以用axis中的at和labels参数来更改,先令plot不要画出xy轴的标度。3、最后,用axis函数设置
Python1540
mat数据导入r语言中变成了什么数据结构

mat数据导入r语言中变成了什么数据结构

R中的数组使用array进行创建,与向量或者矩阵不同的是,array可以是多维的。array中的数据同样是相同mode的,array函数的像是如下:array(vector, dimensions, dimnames),其中vector包含
Python80
R语言之基础

R语言之基础

向量是 R 语言中最基本的数据类型,在 R 中没有单独的标量(例如 1 本质上是 c(1)) 。 R 中可以用 = 或者 &lt- 来进行赋值 , &lt-的快捷键是 alt + - 。 R的下标是从1开始的,和py
Python310
R语言常用函数整理(基础篇)

R语言常用函数整理(基础篇)

R语言常用函数整理本篇是基础篇,即R语言自带的函数。 vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量 character;字符型向量 list:列表 data.frame:数据框 c:
Python130
python如何记录矩阵某一行序号

python如何记录矩阵某一行序号

可以使用numpy的index方法来记录矩阵某一行的序号: ```import numpy as np # 创建一个矩阵matrix = np.array([[1,2,3], [4,5,6], [7,8,9]]) # 获取第二行的序号row
Python170
R语言初学笔记:差异表达基因

R语言初学笔记:差异表达基因

setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ
Python130
R语言可以处理大的数据吗

R语言可以处理大的数据吗

“参考网址1”中提到如果只是对整数运算(运算过程和结果都只使用整数),没有必要使用“double”(8 byte),而应该用更小的“integer”(4 byte)。使用storage.mode(x)查看对象存数的模式,storage.mo
Python150
R语言里面的因子

R语言里面的因子

R语言中的因子确实不好理解,很多人都这么觉得。在R语言中,因子(factor)表示的是一个符号、一个编号或者一个等级,即,一个点。例如,人的个数可以是1,2,3,4......那么因子就包括,1,2,3,4.....还有统计量的水平的时候用
Python130
基于R语言实现Lasso回归分析

基于R语言实现Lasso回归分析

基于R语言实现Lasso回归分析主要步骤:将数据存成csv格式,逗号分隔在R中,读取数据,然后将数据转成矩阵形式加载lars包,先安装调用lars函数确定Cp值最小的步数确定筛选出的变量,并计算回归系数具体代码如下: 需要注意的地方: 1、
Python130
R语言中的多元方差分析

R语言中的多元方差分析

R语言中的多元方差分析1、当因变量(结果变量)不止一个时,可用多元方差分析(MANOVA)对它们同时进行分析。library(MASS)attach(UScereal)y &lt- cbind(calories, fat, suga
Python160
R语言相关性分析

R语言相关性分析

1.  R语言自带函数cor(data, method=" ")可以快速计算出相关系数 ,数据类型:data.frame  如data.frame为:zz, 绘图如下:a. single protein:线性
Python90
如何用r语言求哈达马乘积

如何用r语言求哈达马乘积

r语言中计算哈达马乘积(Hadamard product),和计算一般矩阵与矩阵的乘积一样,直接用m×n即可。如matrix(c(1:8),2)*matrix(c(8:1),2)&gt matrix(c(1:8),2) [,1] [
Python130
R语言中有哪些取整运算?

R语言中有哪些取整运算?

R语言中取整运算主要包括以下五种:floor():向下取整;ceiling(): 向上取整;round(): 四舍五入取整;turnc(): 向0取整;signif(): 保留给定位数的精度。floor返回对应数字的'地板
Python170