R语言:有关差异分析的检验方法

R语言:有关差异分析的检验方法

1 读取,计算均值,箱图观察 2 查看数据分布 2.1 hist直方图 2.2 qqnorm散点图 3 Shapiro-Wilk正态性检验 4 方差齐性检验意义:方差分析就是在大家误差水平
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R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析

用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一
Python130
t检验算法及其在R语言中的实现

t检验算法及其在R语言中的实现

在进行t检验之前让我们先看看它的定义: t检验法就是在假设检验时利用 t分布 进行概率计算的检验方法。那问题来了,什么是t分布呢? 所以我们在进行t检验之前,应该对数据进行 正态性检验 以及 方差齐性
Python130
R语言DESeq2基因差异表达分析

R语言DESeq2基因差异表达分析

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需
Python330
R 数据可视化 —— 韦恩图

R 数据可视化 —— 韦恩图

对于数据集之间交叠关系的可视化,通常想到的是绘制韦恩图。 韦恩图是一种关系型图表,通过图形之间的重叠来反映数据集之间的相交关系。 下面,我们来简单介绍一下如何绘制韦恩图 绘制韦恩图的包有很多,比如gplots包的v
Python190
《R语言实战》自学笔记44-t检验

《R语言实战》自学笔记44-t检验

数据准备t检验,亦称student t检验(Student's t test),主要用于样本含量较小(例如n &lt30),总体标准差σ未知的正态分布。t检验是用t分布理论来推论差异发生的概率,从而比较两个平均
Python140
t检验算法及其在R语言中的实现

t检验算法及其在R语言中的实现

在进行t检验之前让我们先看看它的定义: t检验法就是在假设检验时利用 t分布 进行概率计算的检验方法。那问题来了,什么是t分布呢? 所以我们在进行t检验之前,应该对数据进行 正态性检验 以及 方差齐性
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t检验算法及其在R语言中的实现

t检验算法及其在R语言中的实现

在进行t检验之前让我们先看看它的定义: t检验法就是在假设检验时利用 t分布 进行概率计算的检验方法。那问题来了,什么是t分布呢? 所以我们在进行t检验之前,应该对数据进行 正态性检验 以及 方差齐性
Python320
嵌套Venn图的绘制(R语言)

嵌套Venn图的绘制(R语言)

​如何在差异基因Venn图中同时标识上下调基因数量信息韦恩(Venn)图是常见统计图之一,用于展示各样本(或分组)之间共有(或特有)元素的数量(或比例)。例如做RNA-seq的最直接目的,大多是鉴定差异表达的基因。当试验涉及到多
Python170
r语言求平均值

r语言求平均值

vec = vector(length =1000)for(i in 1:1000)    vec[i] = UR_FUNC()mean(vec)数据准备t检验,亦称student t检验(Student's t te
Python170
r语言中t检验如何单独取t值

r语言中t检验如何单独取t值

独立双样本t检验,首先假设我们的两组数据完全由独立抽样得来;t.test函数可以直接用于检验像sleep这样的长数据,列group则为样本的分组依据。配对样本t检验,数据集为包含分组变量的数据框,那么程序将默认group=1的数据行中的第
Python140
Java 可不可以做图像识别的系统

Java 可不可以做图像识别的系统

当然可以。一、纯JAVA开发的技术可行性,即JAVA是否能够实现图像识别的各种算法。二、如果第一点没有问题,纯JAVA与C++相比,开发效率上的差异。效率要低很多,和具体问题有关。三、如果第一点没有问题且第二点差异不太大时,纯JAVA与C+
Python230
《R语言实战》自学笔记44-t检验

《R语言实战》自学笔记44-t检验

数据准备t检验,亦称student t检验(Student's t test),主要用于样本含量较小(例如n &lt30),总体标准差σ未知的正态分布。t检验是用t分布理论来推论差异发生的概率,从而比较两个平均
Python170
R绘图|ggplot2火山图的绘制

R绘图|ggplot2火山图的绘制

上一期 R绘图|ggplot2散点图的绘制 简单介绍了散点图在高通量数据展示上的作用,以及如何绘制?散点图在数据展示上存在局限,只能体现基因的差异幅度,并不能体现统计学意义。因此,在高通量文章中,还有一种较为全面的展示数据特点的工具——火
Python190
R语言DESeq2基因差异表达分析

R语言DESeq2基因差异表达分析

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需
Python630
R语言如何提取p值

R语言如何提取p值

将t.test()的结果保存下来,然后用$符号提取。如res &lt- t.test()res$p.value或者t.test()$p.value注意t检验中的参数照写数据准备t检验,亦称student t检验(Stud
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