Error in [.data.frame (b, , c("plate_id", "Well", "TISSUE", "Patient_ID")) :
undefined columns selected
改写表头的大小写及顺序解决了。
注:1.遇到undefined columns selected 的问题一定是获取列的文本与数据列不对应
2.眼见也不一定为实特殊符号需要敏感,尽量不要使用特殊符号命名样品;
因为Frontiers In Immunology要求提供图片的时候选择“对色盲友好”的配色,因此尝试了一下这个包。但是非常困惑的是经常报错。今天终于解决了问题。记录一下。
首先加载相关的包并作一个简单的图
用的是ggplot2默认的调色板
之后用Viridis调色,主要是加了这么一条函数:
然后就花式报错
大概意思用一个连续型的色带给离散型变量上色。就很费解,不知道去哪找离散型的色带。
一开始尝试把fill的变量替换成连续型的,但是感觉并不好看。所以还是想怎么能把这个颜色替换掉。
直到最后终于发现有一个叫做scale_fill_viridis_d的函数。可以提供离散型的色带。
于是重新作图
这下好了。好吧虽然还是很丑。
于是顺便整理了一下各种相关的函数
scale_fill_viridis_d:
如前所述我们已经知道这个函数可以提供Viridis包的离散型的色带了。
magma(3, alpha = 1, begin = 0, end = 1, direction = 1):
可以输出指定色带指定数量的颜色。