1、含义不同。
微信h5支付：是集成在微信客户端的支付功能，用户可以通过手机完成快速的支付流程。
jsapi支付：以绑定银行卡的快捷支付为基础的支付。
2、支付方式不同。
微信h5支付：h5支付是用在公众号内。
jsapi支付：jsapi支付是网页发起的微信支付请求。
3、功能不同。
微信h5支付：可以在手机网站内直接支付，为移动支付方式，简单快捷。
jsapi支付：仅可以在微信浏览器内发起支付，比如公众号内的网页和微信小程序，略微麻烦。
参考资料来源：微信支付-普通商户接入
JSAPI支付是指用户在微信中打开商户的H5页面，商户在H5页面通过调用微信支付提供的JSAPI接口调起微信支付模块来完成支付。适用于在公众号、朋友圈、聊天窗口等微信内完成支付的场景。JSAPI支付的申请流程如下：1、注册微信公众号，公众号类型为服务号、政府或媒体订阅号。
2、认证微信公众号，认证费用是每次300元，如果不进行认证是没法用微信支付的。
3、登录微信的公众平台，点击左方菜单中的微信支付按钮，根据要求填写需要的资料，然后等待微信官方的审核，审核时间为48小时内。
4、在审核通过后，微信官方会以邮件、公众号等方式发送给联系人开户信息，按照要求填写财付通备付金汇入的随机金额，即可完成账户验证。
5、在给出线上的电子协议中进行签署，签署完毕后就可以进行交易和所得资金的结算，签署的文件时可以立即生效的。
6、当签署完协议后，就可以获得支付接口，可以根据官方给出的开发文档中的内容进行开发，也可以根据成功的案例进行研发设计。
