1、公司主体不一样
淘宝是阿里巴巴旗下的购物平台，提供各类服饰、美容、家居、数码、话费/点卡充值等数亿优质商品服务，同时提供担保交易（先收货后付款）等安全交易保障服务，并由商家提供退货承诺、破损补寄等消费者保障服务。
微店是由北京口袋时尚科技有限公司开发的手机开店平台。
2、推广方向的区别
淘宝店经营，顾客大多都是陌生人。一个消费者进到一个网店，仍然和进到一个实体店铺一样，销售员是谁不重要，决定购买的因素仍然是品牌和价格。也就是说，淘宝店里买卖发生在陌生人之间，信任仍然以品牌为基础。
而微店经营则不然，除了被广告吸引到店的顾客外，还有不少顾客是手机APP中的朋友、熟人和同事，他们是潜在客户。很多微店店主都把营销重点转移到了自己的微信好友圈中，在好友里建立起热客、回头客，其利润也是非常可观的，而且一旦生产品问题、质量问题，也会比陌生人好说话得多。
3、运营模式不一样
微店是提供让微商玩家入驻的平台。有点类似PC端建站的工具，其不同于移动电商的App，主要利用HTML5技术生成店铺页面，更加轻便，商家可以直接装修店铺。
淘宝是移动虚拟电商时代，主要是提供平台进行线上销售。
HTML5新的语义化标签对低版本浏览器的支持比较无力，而淘宝因为有电脑版和手机端两个分开的网页，在电脑版上做更多浏览器的兼容，这点我觉得要好点，用H5的话比如低版本的IE不支持就要用HACK方法来解决，这样可以带来低版本浏览器客户而不用让客户升级浏览器。【个人见解】
