基于R语言的分类、聚类研究1.所有在对iris数据集分(聚)类研究中,setosa均可以完全正确分(聚)类,而另外两类则会出现不同程度的误差,这也是导致整个研究模型出现误差的原因; 2.在使用的三种分类研究方法中,决策树模型的效果最优,因此可以使用该方法进行鸢尾2023-02-24Python160
t检验算法及其在R语言中的实现在进行t检验之前让我们先看看它的定义: t检验法就是在假设检验时利用 t分布 进行概率计算的检验方法。那问题来了,什么是t分布呢? 所以我们在进行t检验之前,应该对数据进行 正态性检验 以及 方差齐性2023-02-24Python140
转录组分析中—用R语言画带基因名标签的PCA主成分分析图 1. “PCA.data.txt”为基因表达值矩阵。其中第一列为基因名称,这里以ensembl id作为指代;其余各列记录了RNA-seq获得的各基因在各样本中的表达量信息。2. “group.t2023-02-24Python170
R语言绘图包05--韦恩图的绘制:ggvenn和VennDiagramR语言绘图包系列: 这个包支持列表或数据框的数据作为输入 1.4.1 美化颜色和大小 颜色填充参数:fill_color- 默认是 c("blue", "yellow", "2023-02-24Python160
R语言DESeq2基因差异表达分析经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵,差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。 差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。 需2023-02-24Python230
请问谁有core java中文版的电子书 CHM和PDF格式的都可以?我也找了好久的这些了其中,源代码可以去官网下去,反正源代码这些东西不会翻译的。chm的和pdf的差异不大,lz可以直接看pdf的另外影印版确实不清晰伤眼睛,所以建议楼主去买一本实体书,这样就什么都全了,而且对眼睛有利。关于两本书的源码和pd2023-02-24Python160
R语言GEO数据挖掘:步骤三:进行基因差异分析用limma包,这里注意,limma包是对基因芯片表达矩阵的分析,不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析(因为数据特征不同),RNAseq需要用另一种方法 解读此表 但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较,所有还有下一2023-02-24Python140
R语言相关性分析图。想知道怎么分析这些数据?框内的数字是行变量和列变量之间的相关系数R,相关系数R绝对值越大,颜色越深(红正,蓝负)。统计学中,P值越小相关性越显著,一般来说 一个*代表显著相关(P值为0.01,选取不同参数可能不一样)、两个**代表极显著相关(P值为0.001)、三2023-02-24Python200
R语言初学笔记:差异表达基因setwd("E:GSE25066")#环境设置 library(limma)#加载差异分析包limma #将分组文件加载到环境中,分组信息第一列为样本名,第二列为分组信息如“high”“low” targ2023-02-24Python140
R语言 求秩和检验x=rep(1:4, c(4,10,15,1))y=rep(3:7, c(2,9,2,4,2))wilcox.test(x,y,exact=FALSE)p-value=10e-8<.05拒绝原假设可认为两组总胆红素存在差异;x=2023-02-24Python160
在实数集R中给出关系f={(x,x²):x∈R},讨论f的自反性,对称性和传递性。如果我理解的没错, 自反性, 对称性和传递性都没有.自反性要求: 任意a ∈ R, 有(a,a) ∈ f, 但是对a = 2就不成立.对称性要求: 若(a,b) ∈ f, 则(b,a) ∈ f, 但是对a = 2, b = 4就不成立.传递2023-02-24Python160
r语言中t检验如何单独取t值独立双样本t检验,首先假设我们的两组数据完全由独立抽样得来;t.test函数可以直接用于检验像sleep这样的长数据,列group则为样本的分组依据。配对样本t检验,数据集为包含分组变量的数据框,那么程序将默认group=1的数据行中的第2023-02-24Python270
r语言中给x的每个元素加上名字为x1到x5应该怎么表示可以使用for循环,例如:for(i in 1:5)x[[i]] <- paste0("x", i)或者使用apply函数:x <- apply(x, 2, function(x){paste2023-02-24Python200
R语言:有关差异分析的检验方法1 读取,计算均值,箱图观察 2 查看数据分布 2.1 hist直方图 2.2 qqnorm散点图 3 Shapiro-Wilk正态性检验 4 方差齐性检验意义:方差分析就是在大家误差水平2023-02-24Python160
test什么意思test的意思是试验,句中作为名词和动词使用。英 [test] 美 [tɛst]n. 试验;检验vt. 试验;测试vi. 试验;测试n. (Test)人名;(英)特斯特短语1、Test engineer 测试工程师 测试员 软2023-02-24Python140
初识R语言—统计篇之正态分布和抽样分布2.夏皮罗检验(shapiro.test) 当w接近1,p >0.05时,说明数据符合正态分布,这个检验只适合于3-5000个数据,样本数量不在这个范围内的话,会报错 补充从b站麦子那里学到的另外三种判断是不是正态分布2023-02-24Python130
R语言-T检验、秩和检验、百分比检验、卡方检验T检验:符合正态分布的数据用T检验 秩和检验:不满足正态分布的数据用秩和检验 正态分布的检验 非正态分布 非正态分布中值比均值有意义 如果点在直线两侧则为正态分布。图示为非正态分布 wilcox.test(变量1,变2023-02-24Python150
t检验算法及其在R语言中的实现在进行t检验之前让我们先看看它的定义: t检验法就是在假设检验时利用 t分布 进行概率计算的检验方法。那问题来了,什么是t分布呢? 所以我们在进行t检验之前,应该对数据进行 正态性检验 以及 方差齐性2023-02-24Python210
“对称散点图”的绘制(R语言)转录组分析中,计算了两组间差异表达的基因后,通常怎样表示?您可能第一时间想到可以使用火山图。的确,火山图是使用频率最多的,在火山图中可以很轻松地根据基因在两组间的Fold Change值以及显著性p值,识别和判断差异表达基因概况。火山图实质2023-02-24Python210