一、温度采集点不同
1、三针：3针的温度采集点在CPU附近，主板上。
2、四针：4针的温度采集点在CPU内部。
二、温度调节方式不同
1、三针：3针只能按照BIOS中几个设定的温度档位调整，且多数不可手动设定，与温度不同步
2、四针：4针通过脉宽控制电路实时调整，无极变速，与温度同步。
三、芯片组依赖程度不同
1、三针：3针控制需依赖及主板芯片组。
2、四针：4针不需要,不受芯片组状态影响。
参考资料来源：百度百科-CPU散热器
参考资料来源：百度百科-散热风扇
参考资料来源：百度百科-CPU风扇
主板上的SYSFAN接口是系统风扇接口，也就是机箱风扇。
1、这个是风扇用的接口。
2、sys就是system的意思，fan是风扇的意思，sys fan是“系统风扇”，是接系统风扇或电源风扇接口。
这里需要区分两种风扇。电脑风扇分为：机箱风扇和cpu风扇。机箱风扇是安装在电脑机箱上的来为电脑机箱整个内部空间散热，而cpu风扇主要是安装在cpu处理器上的以cpu散热为主。通常就是电脑启动时嗡嗡的东西。
系统风扇是用来插主机风扇的。也就是插机箱风扇，他有检测风扇状态的功能。现在很多机箱都没有这种接口的风扇，都是些直接把机箱风扇与电源连接。不过市场上有这种风扇卖。部分机箱也带有，不过很少，很多机箱的风扇都是要自己另买的。
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一般机箱风扇是装在机箱前部的，将冷空气从前部吸入吹向主板上空，最后由电源风扇排出，形成对流。最好考虑空气流动方向问题 ，最佳方案是前后各装一个风扇，成对角方向分布，然后整个机箱散热效果就很好.机箱前部风扇对里面吹，后部风扇对外面吹。
形成对流CPU、显卡、硬盘、光驱、北桥、南桥及板卡上的其他芯片时刻在加热机箱内的空气，如果不将这些热气排出箱外，将严重影响各部件散热，影响电脑的使用寿命。实测表明，装了机箱风扇的机箱比没装的机箱，箱内温度要低5～10℃，可明显改善箱内配件及电器元件的工作环境。
一般机箱总有两个地方可以装风扇，前面的一般在硬盘托架处，后面的一般在电源下面，键盘口上方。售价较高的机箱出厂就已经装好1～2个风扇了。在安装机箱风扇时，应该遵循空气流动原理。如果安装的风扇前进后出，这样机箱内部风路从前到后很规则；如果风扇安装颠倒，后进前出或者后进前进的话，由于电源风扇也是出风的，会造成风路混乱。
当只安装一个机箱风扇时，就看是为硬盘散热还是为整机散热，取决于你的散热需求。不少机箱出厂送的风扇是默认装在后面风扇位置上的，并且是抽风，这的确是有道理的。
不同品牌货或型号的笔记本内置风扇的电源接口规格和风扇尺寸并不相同，但是常见的接口规格和尺寸也只有那几种，用户可以拆下风扇，根据具体接口规格和风扇尺寸购买相同规格的风扇，就可以保证兼容。如果是市场占有率较高的大品牌笔记本电脑，根据笔记本电脑型号购买风扇也可以。
