R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果

Python012

R语言ggtree画圆形的树状图展示聚类分析的结果,第1张

那么圆形的树状图如何实现呢？我查找了一下相关资料。

R语言包 dendextend 这个包可以实现，利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档，能够看到其中的一个小例子

但是这个后期美化起来好像不太方便。

还找到了一个参考链接是

http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html

介绍的也是 dendextend 这个包的用法。

这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果

把树的形状改为圆形，添加样本的名称

鸢尾花数据集是150个样本，用圆形的图看下效果

最终的结果是

这里关于最外圈文本位置的调整，我还的再仔细看看，这里出图后位置不太合适，我是手动调整的！

直接谷歌一下，“时间序列分析

R语言”，就能得到你想要的结果

以下结果来自，

作者：詹鹏 2012-9-20

22:46:46

【包】

library(zoo)           

#时间格式预处理

library(xts)

           #同上

library(timeSeires)     

#同上

library(urca)          

#进行单位根检验

library(tseries)        

#arma模型

library(fUnitRoots)    

#进行单位根检验

library(FinTS)       

 #调用其中的自回归检验函数

library(fGarch)       

#GARCH模型

library(nlme)         

#调用其中的gls函数

library(fArma)       

#进行拟合和检验

【基本函数】

数学函数

abs，sqrt：绝对值，平方根

log,

log10,

log2

,

exp：对数与指数函数

sin，cos，tan，asin，acos，atan，atan2：三角函数

sinh，cosh，tanh，asinh，acosh，atanh：双曲函数

简单统计量

sum,

mean,

var,

sd,

min,

max,

range,

median,

IQR（四分位间距）等为统计量，sort，order，rank与排序有关，其它还有ave，fivenum，mad，quantile，stem等

用limma包，这里注意，limma包是对基因芯片表达矩阵的分析，不能对逆转录RNAseq表达矩阵进行分析（因为数据特征不同），RNAseq需要用另一种方法

解读此表

但是上面的用法做不到随心所欲的指定任意两组进行比较，所有还有下一种方法

处理好了分组信息，再自定义比较元素

自定义函数进行比较

热土和火山图都是傻瓜式的，只要的前面得出的deg数据(也就是基因差异表达数据）是正确的