R语言安装DESeq2包

Python014

R语言安装DESeq2包,第1张

DESeq2用来处理转录组数据。那么先来完成第一步:安装。 1、传统方式安装 麻蛋,报错了!!!!为什么受伤的总是我。 2、开启查阅资料模式,然后得到的结论是这个包的安装需要利用BiocConductor或者BiocManager。 但是根据网上大神们的分享,尝试了各种方法。报错越来越多,并且越来越看不懂。 最后决定直接进入DESeq2的package官网上看吧。 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/DESeq2.html3、最后按照Bioconductor指示安装,成功。

经过表达定量后,我们已经得到了基因的表达量矩阵差异表达分析通常是RNA-seq分析的第一步。

差异基因表达分析通常都是在R中,常用的有DESeq2,edgeR,limma等几种,这次主要介绍用DESeq2来进行差异表达分析。

需要准备的数据:基因表达定量矩阵(counts)及分组文件

安装

使用