常用的生物信息学python库有哪些

Python013

常用的生物信息学python库有哪些,第1张

常用的生物信息学python库:

Tkinter

Python默认的图形界面接口。Tkinter是一个和Tk接口的Python模块,Tkinter库提供了对Tk API的接口,它属于Tcl/Tk的GUI工具组。

PyGTK

用于python GUI程序开发的GTK+库。GTK就是用来实现GIMP和Gnome的库。

PyQt

用于python的Qt开发库。QT就是实现了KDE环境的那个库,由一系列的模块组成,有qt, qtcanvas, qtgl, qtnetwork, qtsql, qttable, qtui and qtxml,包含有300个类和超过5750个的函数和方法。PyQt还支持一个叫qtext的模块,它包含一个QScintilla库。该库是Scintillar编辑器类的Qt接口。

wxPython

GUI编程框架,熟悉MFC的人会非常喜欢,简直是同一架构(对于初学者或者对设计要求不高的用户来说,使用Boa Constructor可以方便迅速的进行wxPython的开发)

PIL

python提供强大的图形处理的能力,并提供广泛的图形文件格式支持,该库能进行图形格式的转换、打印和显示。还能进行一些图形效果的处理,如图形的放大、缩小和旋转等。是Python用户进行图象处理的强有力工具。

Psyco

一个Python代码加速度器,可使Python代码的执行速度提高到与编译语言一样的水平。

xmpppy

Jabber服务器采用开发的XMPP协议,Google Talk也是采用XMPP协议的IM系统。在Python中有一个xmpppy模块支持该协议。也就是说,我们可以通过该模块与Jabber服务器通信,是不是很Cool。

PyMedia

用于多媒体操作的python模块。它提供了丰富而简单的接口用于多媒体处理(wav, mp3, ogg, avi, divx, dvd, cdda etc)。可在Windows和Linux平台下使用。

Pmw

Python megawidgets,Python超级GUI组件集,一个在python中利用Tkinter模块构建的高级GUI组件,每个Pmw都合并了一个或多个Tkinter组件,以实现更有用和更复杂的功能。

PyXML

用Python解析和处理XML文档的工具包,包中的4DOM是完全相容于W3C DOM规范的。它包含以下内容:

xmlproc: 一个符合规范的XML解析器。Expat: 一个快速的,非验证的XML解析器。还有其他和他同级别的还有 PyHtml PySGML。

PyGame

用于多媒体开发和游戏软件开发的模块。

PyOpenGL

模块封装了“OpenGL应用程序编程接口”,通过该模块python程序员可在程序中集成2D和3D的图形。

NumPy、NumArray、SAGE

NumArray是Python的一个扩展库,主要用于处理任意维数的固定类型数组,简单说就是一个矩阵库。它的底层代码使用C来编写,所以速度的优势很明显。SAGE是基于NumPy和其他几个工具所整合成的数学软件包,目标是取代Magma, Maple, Mathematica和Matlab 这类工具。

MySQLdb

用于连接MySQL数据库。还有用于zope的ZMySQLDA模块,通过它就可在zope中连接mysql数据库。

Sqlite3

用于连接sqlite数据库。

Python-ldap

提供一组面向对象的API,可方便地在python中访问ldap目录服务,它基于OpenLDAP2.x。

smtplib

发送电子邮件。

ftplib

定义了FTP类和一些方法,用以进行客户端的ftp编程。如果想了解ftp协议的详细内容,请参考RFC959。

PyOpenCL

OpenCL的Python接口,通过该模块可以使用GPU实现并行计算。

支持Python开发环境的系统有Linux、OSX和Windows,以及所有主要的操作系统中。

Linux:Linux系统是为编程而设计的,因此在大多数Linux计算机中,都默认安装了Python。编写和维护Linux的人认为会使用这种系统进行编程。要在Linux中运行Python,几乎不用安装什么软件,也几乎不用修改什么设置。

OSX:大多数OSX系统中都默认安装了Python。确定安装了Python之后,那还需要安装一个文本编辑器。

Windows:Windows系统并非都默认安装了Python,因此可能需要下载它,在下载安装一个文本编辑器。

Python简介

Python由荷兰数学和计算机科学研究学会的吉多·范罗苏姆于1990年代初设计,作为一门叫做ABC语言的替代品。Python提供了高效的高级数据结构,还能简单有效地面向对象编程。Python语法和动态类型,以及解释型语言的本质,使它成为多数平台上写脚本和快速开发应用的编程语言,随着版本的不断更新和语言新功能的添加,逐渐被用于独立的、大型项目的开发。

Python解释器易于扩展,可以使用C语言或者C++扩展新的功能和数据类型。Python也可用于可定制化软件中的扩展程序语言。Python丰富的标准库,提供了适用于各个主要系统平台的源码或机器码。