R语言操作otu丰度表:分行列计算平均和标准差

Python016

R语言操作otu丰度表:分行列计算平均和标准差,第1张

公众号的读者留言问答的问题,首先他的数据集如下

1 这个是数据集按行求平均

2 这个是数据集中按行求标准差

3 这个公式的计算方法是先按照行求平均值得到一个向量a,按行求标准差得到一个向量b,最后是按照列来进行abs(x-a)/b

4 这个公式就是把3得到的新数据集按照行求和然后再除以数据的维度

readxl 包用来读取数据

tidyverse 用来操作数据

readxl 中的 read_excle() 函数好像没有指定某一列作为行名的函数,所以我给原始数据添加一个表头

读取数据

小明的数据分析笔记本

如下:

数据集a有变量:x1,x2,x3等等

求各变量的均值方差,代码如下:

mean(a$x1) var(a$x1)。

mean(a$x2) var(a$x2)。

mean(a$x3) var(a$x3)。

……

如果有无效值,需要在括号内加入na.rm=T。

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。

R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。

R可以看作贝尔实验室(AT&T BellLaboratories)的Rick Becker、John Chambers和Allan Wilks开发的S语言的一种实现。当然,S语言也是S-Plus的基础。

所以,两者在程序语法上可以说是几乎一样的,可能只是在函数方面有细微差别,程序十分容易地就能移植到一程序中,而很多一的程序只要稍加修改也能运用于R。