par()函数是R里有关绘图的重要函数之一，以下是对par()函数说明内容的一些整理。描述：par函数用于设定或询问绘图
参数。参数设定可通过par(参数名=取值)或par(赋值参数列表)的形式进行。用法：par(,no.readonly=FALSE)函数变量：“参数名=取值”或“赋值参数列表”形式的变量。no.readonly逻辑变量。如=TRUE且没有其他变量，则返回当前绘图设备下已设定好的绘图参数。参数：参数分为三类：一、仅仅用于询问不能被设定的参数：cin，cra，csi，cxy，dim。二、仅能通过par()设定参数：ask，fig，fin，lheight，mai，mar，mex，mfcol，mfrow，mfg，new，oma，omd，omi，pin，plt，ps，pty，usr，xlog，ylog。三、除了par()，也能在其他高级绘图函数中设定的参数。应用中，涉及这三类参数最多的是第三类，最少的是第一类。查看当前参数的赋值用par("参数名")第三类参数：adj调整函数text，mtext，title里文本串的位置。=0：文本串左对齐；=0.5（缺省）：文本串居中；=1：文本串右对齐。ann=FALSE：不进行绘图解释标记（例如横轴标题等）。bg设置绘图区背景色。缺省为bg="transparent"。bty设置绘图边框的形式。="o"（缺省）：四周边框；="l"：左下边框；="7"：右上边框；="c"：上左下边框；="u"：左下右边框；="]"：上右下边框；="n"；无边框。cex设置文本和符合的尺度。缺省为cex=1。cex.axis相对于当前的cex设置，放大坐标标记（
坐标轴标记的数字）。缺省为cex.axis=1。cex.lab相对于当前的cex设置，放大坐标轴标题。缺省为cex.lab=1。cex.main相对于当前的cex设置，放大图标题。缺省为cex.main=1。cex.sub相对于当前的cex设置，放大图副标题。缺省为cex.sub=1。col设置绘图颜色。缺省为col="black"。col.axis设置坐标标记颜色。缺省为col.axis="black"。col.lab设置坐标轴标题颜色。缺省为col.lab="black"。col.main设置图标题颜色。缺省为col.main="black"。col.sub设置图副标题颜色。缺省为col.sub="black"。crt缺省为crt=0。err期望的错误报告程度（像该参数目前在R中未生效）。缺省为err=0。family设置文本字体字体族。缺省为family=""。fg设置前景色，主要用于坐标轴，边框，图形等，对坐标标记与坐标轴标题等外围无影响。缺省为fg="black"。font设置文本字体。=1（缺省）：普通字体；=2：粗体；=3：斜体；=4：粗斜体；。font.axis设置坐标标记字体。font.lab设置坐标轴标题字体。font.main设置图标题字体。font.sub设置图副标题字体。lab设置坐标轴
刻度数，lab=c(x,y,len)形式，目前len的设置在R中未生效。缺省为lab=c(5,5,7)。las设置坐标标记显示方向。=0（缺省）：平行于坐标轴；=1：平行于x轴；=2：垂直于坐标轴；=3：平行于y轴。lend设置线结束端的形状（只有把线画很粗才能看出来）。=0（缺省）：圆形；=1：“短”方形；=2：“长”方形。ljoin设置线交接处的性质（只有把线画很粗才能看出来）。=0（缺省）：圆角；=1：方角；=2：切方角顶角。lmitre设置ljoin里方角向切方角顶角过渡的程度。缺省为lmitre=10。lty设置线的类型。=0：空白；=1：（缺省）实线；=2：短线虚线；=3：点虚线；=4：短线点虚线；=5：长线虚线；=6：长短线虚线。lwd设置线宽。缺省为lwd=1。mgp设置坐标轴标题，坐标标记和坐标轴边界宽度。mgp[1]影响坐标轴标题，mgp[2,3]影响坐标标记和坐标轴。缺省为mgp=c(3,1,0)。pch设置点的类型。缺省为pch=1。srt逆时针选择字符串，单位为°，只用于text函数。缺省srt=0。tck设置坐标刻度线长与方向（与图宽和高的较小者成比例）。缺省为tck="NA"。tcl设置坐标刻度线长与方向（与文本行高成比例）。缺省为tcl=-0.5。xaxs,yaxs设置坐标轴的范围。="r"（缺省）：先将数据范围向双边扩大4%，然后绘图；="i"：在原始数据范围内绘图。xaxt,yaxt设置坐标轴样式。="s"（缺省）：标准样式；="n"：不绘坐标轴。第二类函数：ask=TRUE：在新图绘制前进行提示。fig设定图在绘图设备中的位置，fig=c(x1,x2,y1,y2)的数值向量（0<=x1许多R 的高级图形自身就含有坐标轴，此外你可以用低级图形函数axis() 设置你自己的坐标轴。坐标轴主要包括三个部分：轴线（axis line）(线条格式由图形参数lty控制)，刻度（tick mark）(划分轴线上的刻度) 和刻度标记（tick label）(标记刻度上的单位)。这些部分可以通过下面的图形参数设置。lab=c(5, 7, 12) 前两个参数分别是x 和y 轴期望的刻度间隔数目。第三个参数刻度标记的字符长度（包括小数点）。这个参数设的太小会导致所有的标记变成一样的数字。las=1 刻度标记的方向。0 表示总是平行于坐标轴，1 表示总是水平，以及2 表示总是垂直于坐标轴。mgp=c(3, 1, 0) 三个坐标成分的位置。第一个参数是轴标签相对轴位置的距离，以文本行作为参照单位的。第二个参数表示刻度标记的距离，最后一个参数是轴位置到轴线的距离(常常是0)。正值表示在图形外，负值表示在图形内。tck=0.01 刻度的长度，以画图区域大小的比率作为度量。当tck 比较小(小于0.5)，x 和y 轴上的刻度强制大小一致。值为1时，给出网格线。负值时刻度在图形外。tck=0.01 和mgp=c(1,-1.5,0)表示内部刻度。xaxs="r"yaxs="i" 分别设定x 和y 轴的形式。"i" (内在的) 和"r" (默认) 形式的刻度都适合数据的范围，但是"r" 形式的刻度会在刻度范围两边留一些空隙(S 还有一些在R 里面没有实现的刻度形式)。rm(list=ls())##清除之前数据
library(rms) ###加载rms包#
library(foreign)
library(survival)
library(rmda)
##install.packages("DynNom")
library(DynNom)
setwd("C://Users//zhanglingyu//Desktop//测试") #设置工作目录
rt<- read.table('测试.txt',header=T,sep="\t")
head(rt) #查看前5行的数据
str(rt)
##接着对所有变量数据进行打包
ddist <- datadist(rt) #将数据打包
options(datadist='ddist')
model1<- lrm(rt$fustat ~ Age+Gender+Tau+EMPG+Glu+HCY+VB12+ALB, data = rt)
summary(model1)
par(mgp=c(1.6,0.6,0),mar=c(2,2,2,2)) ##设置画布
nomogram <- nomogram(model1,fun=function(x)1/(1+exp(-x)), ##逻辑回归计算公式
fun.at = c(0.001,0.01,0.05,seq(0.1,0.9,by=0.1),0.95,0.99,0.999),#风险轴刻度
funlabel = "Risk of Alzheimer Disease", #风险轴便签
lp=T, ##是否显示系数轴
conf.int = F, ##每个得分的置信度区间，用横线表示,横线越长置信度越
abbrev = F#是否用简称代表因子变量
)
plot(nomogram,
#1.变量与图形的占比
xfrac=.35,
#2.变量字体加粗
cex.var=1,
#3.数轴：字体的大小
cex.axis=0.8,
#4.数轴：刻度的长度
tcl=-0.5,
#5.数轴：文字与刻度的距离
lmgp=0.3,
#6.数轴：刻度下的文字，1=连续显示，2=隔一个显示一个
label.every=1,
#7.1个页面有几个数轴(这个可以压缩行间距)
naxes=13,
#8.垂直线的颜色.
col.grid=gray(c(0.8, 0.95)),
#9.线性预测轴名字
lplabel="Linear Predictorlp",
#10变量分数名字
points.label='Points',
#11总分名字
total.points.label='Total Points',
force.label=F#没啥用TRUE强制标记的每个刻度线都绘制标签，我也没研究明白
)
#运行以展示Nomogram每个变量的分数
model1
##生成改良诺模图
plot(nomogram,col.grid = c("Tomato2","DodgerBlue"))
