Affy芯片数据的预处理一般有三个步骤：
可以看到：ReadAffy()读入的CEL芯片数据以AffyBatch类数据形式存储，而背景消减后得到的依然是AffyBatch类数据。
MAS方法应用后PM和MM的信号强度都被重新计算。RMA方法仅使用PM探针数据，背景调整后MM的信号值不变。
此方法获得的结果比线性方法要好，做非线性拟合时不是取整张芯片而仅取部分（一列）作为基线。
可以看到，同一芯片不同探针的信号值的缩放倍数是不一样的。
这种方法认为（或假设）每张芯片探针信号的经验分布函数应完全一样，使用任两张芯片的数据做QQ图应该得到一条斜率为1截距为0的直线。
如循环局部加权回归法（Cyclic loess）和 Contrasts方法。
常用的汇总方法是medianpolish, liwong和mas。liwong方法仅使用PM做背景校正（pmcorrect.method="pmonly"）。例如：
最后的结果 ExpressionSet 类型数据
也是由affy包提供，其背景处理方法为rma法，归一化处理使用分位数法，而汇总方法使用medianpolish：
