C的源代码是跨平台的而编译后的目标文件和可执行文件就不是跨平台的。
因为针对不同的平台会用不同的编译器来编译和链接同样的源代码。
当然如果你的代码里有针对某种特定平台的代码的话（比如Windows API调用），那么用针对其它平台的编译器就会出错。
一般来说如果想写真正跨平台的源代码会用#define 来实现有条件的编译。
c语言能跨平台主要因为各个平台包括DOS,Windows,Linux,UNIX等都有c编译器，只要源代码相同，编译器编译出来的二进制文件就会实现相同的功能（不包括跨平台的系统调用）。但是这些二进制文件不一样，Linux中的可执行文件一般情况下都不能在Windows中运行，因为他们是两个完全不同的操作系统，有不同的内核，不同的系统调用。但编译器会根据不同的平台生成不同的代码，使二进制文件能在专有的平台中运行，并且实现相同的功能。跨硬件平台也是类似，在各种平台上，如x86，x86_64，Sparc，ppc，Motorola等都有相应的编译器。编译器会把相同的c语言代码编译成不同的机器指令，这样就可以实现跨平台了。
总而言之，跨平台主要是靠各个平台上的编译器。
