导入数据
加 ENTREZID列,用于富集分析(symbol转entrezid,然后inner_join)
转化空格为NA
用花花的专属TCGA包,ID进行转换
把空着的值改为NA
以病人为中心,表达矩阵按病人ID去重复
去除重复
TPM数据做单个基因的生存分析file:///C:/Users/denghuan/Desktop/The%20learning%20of%20R%20software/Practice/%E7%94%9F%E5%AD%98%E5%88%86%E6%9E%90%20survival%20analysis/6.Survival.html
stringr::str_replace_all()
str_detect(colnames(exp),"TCGA-W5-AA2R")
转自“ 医学统计园 ”微信公众号。
读入clinical.json文件
计算文件长度n,在这里n为348
初始化变量
利用一个for循环由json文件中提取信息
将提取的信息做成一个dataFrame
(供自己记录)adj位置调整
ask询问
bg背景
bty图形边框风格,o四边都有边框,l左边和下边,7右边和上边,c上边、左边和下边,
cex设置点和字符的大小,axis坐标轴上标签字的大小,lab坐标轴上命名的大小,main标题的大小,sub副标题的大小,col颜色。
family字体的风格,
fg前景颜色
font图片字体的风格,字体,粗体,斜体
las坐标轴的运行关系,坐标轴上的字和坐标轴的关系,字会转
lend线的两端的样式
lty线的形式,直线、虚线
lwd线的粗细
Mai、mar、mex画布的大小
Mfcol、mfrow是来切分画布的,放几个fig在画布中,两个功能一样
pch是用来定义点的形状的,有25个形状
srt用来定义图中的文字的角度
Txk坐标轴上的刻度的大小,刻度的字体大小
Xaxt/yaxt不想要坐标轴的标签
Xlog/ylog是x轴和y轴设置为log值
Xpd把绘图区设置为整个画布
Fig表示图形的四个角的位置
New是在图中生成图