1.主要用到dendextend和circlize包绘图;
2.更改树状图的位置;
3.如果想要去掉图例标签,可设置 labels = FALSE参数;
4.个性化设置:树状分支颜色、文字标签颜色、风格和树状线条的宽度。
那么圆形的树状图如何实现呢?我查找了一下相关资料。R语言包 dendextend 这个包可以实现,利用 help(package="dendextend") 查看帮助文档,能够看到其中的一个小例子
但是这个后期美化起来好像不太方便。
还找到了一个参考链接是
http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html
介绍的也是 dendextend 这个包的用法。
这个时候再运行上面提到的例子就可以直接得到结果
把树的形状改为圆形,添加样本的名称
鸢尾花数据集是150个样本,用圆形的图看下效果
最终的结果是
这里关于最外圈文本位置的调整,我还的再仔细看看,这里出图后位置不太合适,我是手动调整的!
前面我给大家详细介绍过
☞GO简介及GO富集结果解读
☞四种GO富集柱形图、气泡图解读
☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图,气泡图
☞KEGG富集分析—柱形图,气泡图,通路图
☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化
也用视频给大家介绍过
☞ GO和KEGG富集分析视频讲解
最近有粉丝反映说,利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候,发现GO条目的名字都重叠在一起了。
气泡图
柱形图
这个图别说美观了,简直不忍直视。经过我的认真研究,发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。
我们知道R的版本在不停的更新,相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下,终于发现的症结所在。
dotplot这个函数,多了个 label_format 参数
我们来看看这个参数究竟是干什么用的,看看参数说明
label_format :
a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters
原来这个参数默认值是30,当标签的长度大于30个字符就会被折叠,用多行来展示。既然问题找到了,我们就来调节一下这个参数,把他设置成100,让我们的标签可以一行展示。
是不是还是原来的配方,还是熟悉的味道
同样的柱形图,我们也能让他恢复原来的容貌。
关于如何使用R做GO和KEGG富集分析,可参考下文
GO和KEGG富集分析视频讲解