转自医学方
2019-07-4 Alexander
流行病学或者医学论文中，对研究对象基本情况的描述通常以表格的形式进行，并且放在结果部分的开头，即Table 1，主要内容是研究对象一般情况和研究变量或协变量的分组展示。
前几天文章修回过程中，花了两天时间分析数据，修改文章，其中有近1天的时间都在手动录入数据（从R studio里把分析结果整理到Excel或者word），这样除了花费时间外，还非常容易出错。之前一直想找时间通过R markdown把制作表格的过程程序化，可是效果并不理想。
这次痛定思痛，先从table 1开始，发现了几个不错的方法。其中一种个人觉得可读性和可编辑性都比较强，于是学习了一下，作为一个非常实用的工具分享给大家。
这里主要参考一篇博客Fast-track publishing using knitr: table mania，对细节进行了加工和注释。
1 数据的准备
数据主要来自于boot包的melanoma。加载后，看下数据的基本结构。
接下来对数据进行简单的整理，为后续分析做准备；
将分类变量定义为因子型并设置标签（这里建议设置一个新的变量，仅用于table 1的制作，不影响后续的分析）；
2 安装和加载R包 Gmisc
后面两个包是加载“Gmisc”时要求加载的。
3 自定义函数、制作表格
根据已有函数自定义函数，并制作表格。定义一个函数，输入数据集的变量并得到该变量的统计结果：
函数定义完成后，建立一个空的列表，以储存每个变量的分析结果，并进行分析，将结果储存在列表中：
将所有结果merge到一个矩阵中，并建立rgroup（table1第一列的变量名） 和 n.rgroup（table 1第一列每个变量的行数）：
结果如下：
当然，有些情况下，需要多加一个分组标题栏（column spanner），该怎么加呢？
如下：
结果如下：
4 导出结果
在R studio viewer窗口点击白色按钮，即可在浏览器中打开，然后复制粘贴到word可以进一步加工修饰。
是不是很刺激呢。
应该还有其他的导出方法，不过这个已经很方便了。
拓展功能选
⒈ 二分类变量只显示一个（比如男性和女性）。只要在getDescriptionStatsBy的"show_all_values"参数设置为FALSE即可；
⒉ 显示缺失值。getDescriptionStatsBy的"useNA"参数设置为"ifany"，表示如果有缺失值就显示缺失值情况；如设置为“no”，表示始终不显示缺失值情况；“always”则表示无论是否有缺失值都显示缺失值情况；
⒊ Total一列是可以去掉的，getDescriptionStatsBy的"add_total_col"参数设置为FALSE即可。
不足之处
⒈ 差异性检验是采用非参的方法，虽然没有错，但是一般符合参数检验条件的数据还是要使用参数检验的方法，这里可以自行检验后再修改P-value；
⒉ Mean (SD)的展示形式有个括号感觉有点别扭，还不知道怎么去掉，有方法的小伙伴欢迎分享交流。
另外有一些其他的制作table 1的R包，比如table 1（R包的名字）包，tableone包，还有其他生成表格的R包（plyr等），个人浏览下来感觉这个最容易理解和掌握，其他包的功能有兴趣的可以再自行挖掘对比。
原文链接： https://mp.weixin.qq.com/s?src=11×tamp=1562230826&ver=1707&signature=Og8lYPNfFi99QvnQb8OAtkTIo75N9G0JHqvpXxLS5aRpqRcnlgtxXJAMtfgxB8kAK8vinKSxdO6A1qxNy-4k8AyE9wUMYKSarBLDydWO-vazmCNPJIAa5GfaBiFIghaO&new=1
Testlink作为一个开源的项目管理工具，功能是非常强大的。不得不说，在测试用例创建方面功能有些弱。大家都习惯了在excel中写测试用例，当要导入到Testlink中时需要一个一个的创建。
这耗费了大量的时间，在网络不好的情况下还容易出现了延迟，降低了效率。
幸好Testlink提供了XML批量导入测试用例方式，但只支持XML格式，所以这就需要我们把excel转换成XML格式的文件。
由于时间原因，只用到了用例编号 测试用例名字 前提条件 测试步骤 其他均用统一给定值，然后写死在XML中
由于XML生成时的编码问题，元素值中出现<会被替换成(<) >替换成(>) '被替换成(')
在Notepad++里查找替换下就行
如果导入时出现警告：xml_load_ko
可能是R语言默认的编码问题，和本地主机编码不匹配。
解决方法是：在本地创建一个文本，把XML文件内容复制进去，再把后缀名改成xml即可
容易遇到的问题：
1.在导入文件时，可能会出现第一列列名为“X.U.FEFF.xx”。这可能是文件类型或编码方式导致，本人解决方法是将csv（utf-8）文件另存为csv文件。“X.U.FEFF.xx”字样消除。
2.在数据合并时参数type=“full”容易导致数据合并不成功。
参考网站： http://blog.sina.com.cn/s/blog_46d621c00101l66x.html
