然后提取想要的基因集,变成list
然后进行富集分析
需要注意的点:
1.expr输入的表达矩阵必须为:SummarizedExperiment或者SingleCellExperiment ExpressionSet 或者别的什么对象。如果是dataframe的话需要转换为matrix。
2.gset.idx.list是输入的基因集,要么是一个list,要么是一个GeneSetCollection对象
3.kcdf这个参数用于设定非参数检验的分布类型,当输入的表达矩阵是raw_counts时,那么这个参数应该设置为kcdf=“Poisson”。
颜色通过colorRampPalette(c("navy", "white", "firebrick3"))(100)函数生成
annotation_col是一个1列的dataframe,行名是样本名,第一列填分组信息,要转换为factor。如下图:
得到的热图如下图所示:
R语言中的switch与其它语言中的switch有很大区别。
在R中,switch函数的语法形式如下:
其中,expr为表达式,其值或为一个整数值或为一个字符串;list为一个列表。
运行机理:若expr的计算结果为整数,且值在1~length(list)之间时,则switch()函数返回列表相应位置的值。若expr的值超出范围,则没有返回值(老版本的R中返回NULL)。
例1:
由该例可知,x的值为2,则switch函数根据传入的值2,输出列表中的第2个值:国家纳米科学中心。
例2:看看下面两个例子的输出值是多少:
若switch()中的参数list是有名定义时,则当expr等于元素名时,返回变量名对应的值,否则没有返回值。
例3:
you.like<-"fruit"
switch(you.like, drink="water", meat = "beef", fruit = "apple", vegetable="cabbage")
我们使用switch函数的这一性质可以定义一个函数实现多种操作:
R语言的switch结构是常用的一种结构
工具/原料
R语言开发环境
R语言开发工具
方法/步骤
打开R语言开发工具,RGui
R语言switch的使用方法
先定义一个向量
R语言switch的使用方法
使用for结构对switch进行循环输出
R语言switch的使用方法
编写switch结构的语言
R语言switch的使用方法
回车后,根据print函数输出switch函数的结构
R语言switch的使用方法
6
应用解析:for对向量bd进行循环,
通过print对switch定义的结构判断结构中符合向量的要求,
然后把符合要求的输出!
在R语言中,switch()函数是多分枝结构,使用方法如下:switch(expr,list)
expr为表达式,是一个整数值或字符串。
list是一个列表。
具体为:如果expr的计算结果为整数,且值在1~length(list)之间时,则switch()函数返回列表相应位置的值。如果expr的值超出范围,则没有返回值。