第一步：首先进入我速PDF转换器官网(http://www.11pdf.com/)
第二步：下载安装完成后，打开软件，选择【怎样把xml文件转换成pdf】
第三步：点击或者拖拽你想要转换的批量PDF文件或者点击界面下方【添加文件夹】输出目录可以选择【原文件目录】或者【自定义目录】，最后点击【开始转换】即可完成转换。
只需要按照上述方法进行操作，就可以将解决了，以后大家想要将PDF转换成其他文件，就可以利用这款软件进行转换。如果有任何疑问可以进入官网联系技术支持人员予以解决问题。以上就是解决怎样把xml文件转换成pdf的方法了，如果还有什么问题的话可以在官网咨询客服。
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使用paml软件里的mcmctree功能需要phylip格式的比对结果,找了以下,发现用R包phylotools转化最方便，另外提醒一下要用mcmctree的朋友，我发现mcmctree的序列名字长度不能超过50个字符，如果超出的话，建议先改名字再转化。
先安装依赖的包（要先装BioConductor）：
假设fasta文件名为: aligned_fasta.fasta 读取fasta文件，转化：
结果文件为out.phy
注意:生成out.phy里,第一列序列名和第二列序列只有一个空格,而mcmctree要求两个以上,所以需要人工加多一个空格.
也可以用shell命令生成:
