常用的生物信息学python库有哪些

Python014

常用的生物信息学python库有哪些,第1张

常用的生物信息学python库:

Tkinter

Python默认的图形界面接口。Tkinter是一个和Tk接口的Python模块,Tkinter库提供了对Tk API的接口,它属于Tcl/Tk的GUI工具组。

PyGTK

用于python GUI程序开发的GTK+库。GTK就是用来实现GIMP和Gnome的库。

PyQt

用于python的Qt开发库。QT就是实现了KDE环境的那个库,由一系列的模块组成,有qt, qtcanvas, qtgl, qtnetwork, qtsql, qttable, qtui and qtxml,包含有300个类和超过5750个的函数和方法。PyQt还支持一个叫qtext的模块,它包含一个QScintilla库。该库是Scintillar编辑器类的Qt接口。

wxPython

GUI编程框架,熟悉MFC的人会非常喜欢,简直是同一架构(对于初学者或者对设计要求不高的用户来说,使用Boa Constructor可以方便迅速的进行wxPython的开发)

PIL

python提供强大的图形处理的能力,并提供广泛的图形文件格式支持,该库能进行图形格式的转换、打印和显示。还能进行一些图形效果的处理,如图形的放大、缩小和旋转等。是Python用户进行图象处理的强有力工具。

Psyco

一个Python代码加速度器,可使Python代码的执行速度提高到与编译语言一样的水平。

xmpppy

Jabber服务器采用开发的XMPP协议,Google Talk也是采用XMPP协议的IM系统。在Python中有一个xmpppy模块支持该协议。也就是说,我们可以通过该模块与Jabber服务器通信,是不是很Cool。

PyMedia

用于多媒体操作的python模块。它提供了丰富而简单的接口用于多媒体处理(wav, mp3, ogg, avi, divx, dvd, cdda etc)。可在Windows和Linux平台下使用。

Pmw

Python megawidgets,Python超级GUI组件集,一个在python中利用Tkinter模块构建的高级GUI组件,每个Pmw都合并了一个或多个Tkinter组件,以实现更有用和更复杂的功能。

PyXML

用Python解析和处理XML文档的工具包,包中的4DOM是完全相容于W3C DOM规范的。它包含以下内容:

xmlproc: 一个符合规范的XML解析器。Expat: 一个快速的,非验证的XML解析器。还有其他和他同级别的还有 PyHtml PySGML。

PyGame

用于多媒体开发和游戏软件开发的模块。

PyOpenGL

模块封装了“OpenGL应用程序编程接口”,通过该模块python程序员可在程序中集成2D和3D的图形。

NumPy、NumArray、SAGE

NumArray是Python的一个扩展库,主要用于处理任意维数的固定类型数组,简单说就是一个矩阵库。它的底层代码使用C来编写,所以速度的优势很明显。SAGE是基于NumPy和其他几个工具所整合成的数学软件包,目标是取代Magma, Maple, Mathematica和Matlab 这类工具。

MySQLdb

用于连接MySQL数据库。还有用于zope的ZMySQLDA模块,通过它就可在zope中连接mysql数据库。

Sqlite3

用于连接sqlite数据库。

Python-ldap

提供一组面向对象的API,可方便地在python中访问ldap目录服务,它基于OpenLDAP2.x。

smtplib

发送电子邮件。

ftplib

定义了FTP类和一些方法,用以进行客户端的ftp编程。如果想了解ftp协议的详细内容,请参考RFC959。

PyOpenCL

OpenCL的Python接口,通过该模块可以使用GPU实现并行计算。

① Web开发:众多大型网站均为 python 开发。

豆瓣:公司几乎所有的业务均是通过 python 开发的

知乎:国内最大的问答社区,通过 python 开发(Quora) 春雨医生:国内知名的在线医疗网站是用 python 开发的

还有搜狐、金山、腾讯、盛大、网易、百度、阿里、淘宝、土豆、新浪、果壳等公司都在使用 python 完成各种各样的任务。

国外的网站:

谷歌:Google App Engine、code.Google.com、Google earth、谷歌爬虫、Google 广告等项目都在大量使用 python 开发

CIA:美国中情局网站就是用 python 开发的

NASA:美国航天局(NASA)大量使用 python 进行数据分析和运算

YouTube:世界上最大的视频网站 YouTube 就是 python 开发的

Dropbox:美国最大的在线云存储网站,全部用 python 实现,每天网站处理 10 亿个文件的上传和下载

Instagram:美国最大的图片分享社交网站,每天超过 3 千万张照片被分享,全部用 python 开发

Facebook:大量的基础库均通过 python 实现的

Redhat:世界上最流行的 Linux 发新版本中的 yum 包管理工具就是用 python 开发的

② 爬虫:

现在是大数据时代,爬虫是属于运营的比较多的一个场景吧,比如谷歌的爬虫早期就是用跑Python写的,如果你对采集数据、处理数据感兴趣,爬虫工程师将会是一个很好的选择。

③ 数据分析:

一般我们用爬虫爬到了大量的数据之后,我们需要处理数据用来分析,不然爬虫白爬了,我们最终的目的就是分析数据,在这方面关于数据分析的库也是非常的丰富的,各种图形分析图等都可以做出来。也是非常的方便,其中诸如Seaborn这样的可视化库,能够仅仅使用一两行就对数据进行绘图,而利Pandas和Numpy、scipy则可以简单地对大量数据进行筛选、回归等计算。

④ 人工智能:

Python近年来被人们熟知的主要原因就是人工智能领域的兴起。

Python在科学计算领域一直有着较好的声誉,其简洁清晰的语法以及丰富的计算工具,深受此领域开发者喜爱。

python 由于具有编写简单、改动少等特点。特别适合用在机器学习方向。并且提供了丰富的库。减少了学习人工智能的成本。