java程序分为：
编辑
编译
解释
运行
运行的都是.class字节码文件，看不到源文件的，你不用操心
采纳即可
程序加密？你说的是代码加密还是数据加密。我都说一下吧。
Java代码加密：
这点因为Java是开源的，想达到完全加密，基本是不可能的，因为在反编译的时候，虽然反编译回来的时候可能不是您原来的代码，但是意思是接近的，所以是不行的。
那么怎么增加反编译的难度（阅读难度），那么可以采用多层继承（实现）方式来解决，这样即使反编译出来的代码，可读性太差，复用性太差了。
Java数据加密：
我们一般用校验性加密，常用的是MD5，优点是速度快，数据占用空间小。缺点是不可逆，所以我们一般用来校验数据有没有被改动等。
需要可逆，可以选用base64，Unicode，缺点是没有密钥，安全性不高。
而我们需要可逆而且采用安全的方式是：对称加密和非堆成加密，我们常用的有AES、DES等单密钥和双密钥的方式。而且是各种语言通用的。
全部手动敲字，望采纳，下面是我用Javascript方式做的一系列在线加密/解密工具：
http://www.sojson.com/encrypt.html
