linux服务器安装R语言及Rstudio server

2023-02-28 06:11:03Python010

linux服务器安装R语言及Rstudio server,第1张

在linux服务器上使用R语言及Rstudio server cat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-3/R-3.6.1.tar.gzchecking for rl_callback_read_char in -lreadline... no configure: error: --with-readline=yes (default) and headers/libs are not available configure: WARNING: you cannot build info or HTML versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of the R manuals configure: WARNING: you cannot build PDF versions of vignettes and help pages 6.安装 make make install 安装成功！ R #在命令行直接输入“R”即可进入R 编辑。 q() ##退出R编辑 7.安装R-studio-server wget https://download2.rstudio.org/server/centos6/x86_64/rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpmyum install rstudio-server-rhel-1.2.1335-x86_64.rpm 8.R-studio-server的一些命令 rstudio-server start ##启动 rstudio rstudio-server stop ## 关闭rstudio rstudio-server status ## 查看rstudio 运行状态运行rstudio-server status出现 “Active: active (running) ” 表示rstudio 已启动 rstudio-server verify-installation ## 查看rstudio 安装错误 rstudio-server restart ##重启 ifconfig ##查看服务器ip地址。查看运行中R进程 rstudio-server active-sessions 指定PID，停止运行中的R进程 rstudio-server suspend-session <pid> 停止所有运行中的R进程 rstudio-server suspend-all 强制停止运行中的R进程，优先级最高，立刻执行 rstudio-server force-suspend-session <pid> rstudio-server force-suspend-all RStudio Server临时下线，不允许web访问，并给用户友好提示 rstudio-server offline RStudio Server临时上线 rstudio-server online 8.rstudio-server系统设置主要有两个配置文件，默认文件不存在（非必要，可不做修改） /etc/rstudio/rserver.conf /etc/rstudio/rsession.conf vi /etc/rstudio/rserver.conf www-port=8080#监听端口,默认是8787，可以不做修改 www-address=127.0.0.0#允许访问的IP地址，默认0.0.0.0 rstudio-server restart vi /etc/rstudio/rsession.conf session-timeout-minutes=30#会话超时时间 r-cran-repos= http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN #CRAN资源库 rsession-which-r=/usr/local/bin/R ## 如果非root安装，更改R所在目录。 9.通过浏览器连接Rstudio-server 直接打开浏览器，输入http://<服务器ip>:8787 ## 如果修改过rserver.conf文件，后面的8787端口改为相应的端口即可。这里需要我们输入用户名和密码。关于用户名有2点注意事项：（1）.不允许使用system 用户登陆，即用户ids小于100的用户。只能用普通用户登录（2）.用户的认证可以使用RSA。如果没有普通用户，可以添加： useradd newname # 添加一个名为newname的用户 passwd newname###给新用户newname 设置密码，密码需是复杂密码，否则可能通不过。 usermod -G happy newname ####将新用户newname添加到happy 用户组中，在用useradd添加用户之后，在默认的情况下，该账号是暂时被封锁的，也就是说，该账号是无法登录，须要用passwd命令来给新创建的用户设置密码之后才可以使用。 10可能存在的问题 10.1如果你的rstudio-server没有启动很大程度是安装有误，这里我将我遇到的错误分享出来 rstudio-server verify-installation There is a libR.so in /usr/lib/R/lib, but (weirdly) ls -l reveals that it dates from the my previous install of R-3.5.1 for which I did notconfigure with --enable-R-shlib. 这里就提到无法找到libR.so文件，原因是配置R语言文件时，没有加参数--enable-R-shlib. 这就必须要重新安装R语言。使用make uninstall 删除之前的安装，最好也删除R-3.6.1所在的文件夹，用“rm -r -f R-3.6.1". 使用rm 命令 -r 参数表示全部删除， -f 参数表示强制删除，不会提醒。同时使用这两个参数要小心。 10.2 普通用户无法启动rstudio-server sudo rstudio-server start## 以管理员方式执行命令这时会需要输入密码并提示 xxx is not in the sudoers file.This incident will be reported. 如果不想出现上面的提示，就是给该用户提高权限，添加用户使用sudo的权利。 su root ###切换到root用户，如果有root权限的话。 chmod u+w /etc/sudoers ###添加sudo文件的写权限 vi /etc/sudoers ###编辑sudoers文件，添加权限。找到这行 root ALL=(ALL) ALL,在他下面添加xxx ALL=(ALL) ALL (这里的xxx是你的用户名) youuserALL=(ALL)ALL %youuser ALL=(ALL)ALL youuserALL=(ALL)NOPASSWD: ALL %youuser ALL=(ALL)NOPASSWD: ALL chmod u-w /etc/sudoers ##撤销sudoers文件写权限

R语言如何从外部读取数据到R中

R语言可以从键盘，文本，excel，access，数据库，专业处理软件sas

一、使用键盘的输入

mydata<-data.frame(age=numeric(0),gender=character(0),weight=numeric(0))

mydata<-edit(mydata)

二、读入带有分隔符文本格式的数据

data<-read.table(文件，header=true/false,sep="delimeter",row.names=列名)

其中文件可以有很多选项的

file（）gzfile（），bzfile（），等一些压缩文件以及url（http：//,ftp://,smtp://）

例子：

默认的时候，字符串会自动使用factor转化为数值型

data<-read.table("student.csv",header=TRUE,sep=",",row.names="studentid"，stringsAsFactors=FALSE)

三、将xls文件导入到R中

（1）将xls变成csv的格式导入

（2）在Windows系统中，你也可以使用RODBC包来访问Excel文件。

library(RODBC)

channel <- odbcConnectExcel("student.xls")

mydataframe<-sqlFetch(channel,"Sheet1")

odbcClose(channel)

四、抓取网页并且提取信息

五、导入spss数据

library（Hmisc）

mydata<-spss.get("mydata.sav",use.value.labels=TRUE)

六、导入SAS数据

将sas格式的数据转换为csv格式的数据然后用read.table()形式导入

七、导入关系型数据库的数据

R中有多种面向关系型数据库管理系统（DBMS）的接口，包括Microsoft SQL Server、Microsoft Access、MySQL、Oracle、PostgreSQL、DB2、Sybase、Teradata以及SQLite。其中一些包通过原生的数据库驱动来提供访问功能，另一些则是通过ODBC或JDBC来实现访问的。

（1）使用ODBC的方式导入数据

1、下载Rtools

Rtools的下载点是：

Please choose a CRAN mirrornear you, and follow the "Download R for Windows" link to

<CRAN mirror>/bin/windows/Rtools

找到CRAN镜像的网址：

China

http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/CTEX.ORG

http://cran.csdb.cn/Computer Network Information Center, CAS, Beijing

http://mirror.bjtu.edu.cn/cranBeijing Jiaotong University, Beijing

http://cran.dataguru.cnDataguru (a, Guangzhou

http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/University of Science and Technology of China

http://mirrors.xmu.edu.cn/CRAN/Xiamen University

在网址后面添加/bin/windows/Rtools 即可

比如： http://cran.csdb.cn/bin/windows/Rtools/

我们下载最新版：Rtools215.exe

2、安装Rtools

安装的过程很傻瓜，不过有一点要注意：这个选项必须要选中，否则不会自动添加环境变量的

安装完成之后，打开一个cmd窗口，输入gcc --help，无误则说明环境变量设置正确。有的时候需要重启计算机，环境变量才生效

注意：我安装的Rtools是没有perl和TeX的

3、编写包

假设我们有自定义函数f1和f2以及数据矩阵d1，将其做成package，名字为test1，使用package.skeleton会在工作路径下自动生成package的框架。如下所示：

setwd("D:/RData/workdir")

f1 <- function(aa){return (aa)}

f2 <- function(aa){return(aa+2)}

d1 <- matrix(1:6,2,3)

package.skeleton(name="test1", list=c("f1","f2","d1"))

我们会在D:\RData\workdir内发现新生成了文件夹test1，里面包含data、man和R三个子文件夹以及DESCRIPTION和Read-and-delete-me这两个文件。其中Read-and-delete-me可以通过文本工具打开阅读后删除，DESCRIPTION可以参照标准的规范进行修改后保存（不做修改也不影响正常运行）。data文件夹保存数据（本例中对应d1），R文件夹保存函数（本例中对应f1和f2），man文件夹存放.Rd文件，用来生成帮助文件。我们只需要修改每个.Rd文件就行，用文本工具打开并定位到“title”开头这一行，写入该函数或者数据的名称即可（比如d1），保存关闭。其实按照标准的做法，下面的description和examples之类的都要补全，但是只有title是必须补全的，否则编译会出错。

修改title这块：

原始数据是：

\title{

What the package does (short line)

~~ package title ~~

}

我修改为：

\title{

my test r package

}

4、编译包

打开CMD，定位到D:\RData\workdir，进行编译，如下所示：