r语言中怎样查看函数源代码

Python010

r语言中怎样查看函数源代码,第1张

在r中看函数代码

在R中,代码可以分为如下几个级别:

首先,是你输入了函数对象名称,你可以直接看到代码的,如要获得函数对象fivenum的代码,就只需要在Console中键入函数对象名称fivenum就可以得到如下结果

function (x, na.rm = TRUE)

{

xna <- is.na(x)

if (na.rm)

x <- x[!xna]

else if (any(xna))

return(rep.int(NA, 5))

x <- sort(x)

n <- length(x)

if (n == 0)

rep.int(NA, 5)

else {

n4 <- floor((n + 3)/2)/2

d <- c(1, n4, (n + 1)/2, n + 1 - n4, n)

0.5 * (x[floor(d)] + x[ceiling(d)])

}

}

<environment: namespace:stats>

从上面的例子可以看出,这类函数对象的代码是最容易看到的,也是我们学习的最好的材料了,而R中最大多数的函数对象是以这种方式出现的。

其次,我们在输入mean这类函数名次的时候,会出现如下结果:

function (x, ...)

UseMethod("mean")

<environment: namespace:base>

这表示函数作者把函数“封”起来了。这个时候我们可以先试一试methods(mean),利用methods函数看看mean这个函数都有哪些类型的,我们得到的结果如下:

[1] mean.data.frame mean.Date mean.defaultmean.difftime mean.POSIXct mean.POSIXlt

其实对此可以有一个简单的理解,虽然不够精确。因为在R中,mean函数可以求得属于不同类型对象的平均值,而不同类型对象平均值的求法还是有一些小小差 异的,比如说求一个向量的平均值和求一个数据框的平均值就有所差异,就要编写多个mean函数,然后“封”起来,以一个统一的mean出现,方便我们使 用。这正好也反映了R有一种类似泛型编程语言的性质。

既然我们已经知道mean中还有这么多种类,我们可以输入mean.default试一试就可以得到:

function (x, trim = 0, na.rm = FALSE, ...)

{

if (!is.numeric(x) &&!is.complex(x) &&!is.logical(x)) {

warning("argument is not numeric or logical: returning NA")

return(as.numeric(NA))

}

if (na.rm)

x <- x[!is.na(x)]

trim <- trim[1]

n <- length(x)

if (trim >0 &&n >0) {

if (is.complex(x))

stop("trimmed means are not defined for complex data")

if (trim >= 0.5)

return(stats::median(x, na.rm = FALSE))

lo <- floor(n * trim) + 1

hi <- n + 1 - lo

x <- sort.int(x, partial = unique(c(lo, hi)))[lo:hi]

n <- hi - lo + 1

}

.Internal(mean(x))

}

<environment: namespace:base>

同样就可以得到mean.data.frame、mean.Date、mean.difftime、mean.POSIXct、mean.POSIXlt 的具体内容了。值得注意的是,在R中,出现有多个同样近似功能的函数封装为一个函数的时候(这时候在函数中多半会出现类似UseMethod函数使用的情 况),我们不妨先输入mean.default试一试。这种形式的函数在R中一般作为默认的函数表示。

第三,这是一种特殊的情况,有人认为应该和第二种是一类,但是我还是要提出来单独归类。在这种情况也和第二种的原因有些类似,但并不是完全一致。

也许我们大家都很熟悉plot函数了吧,输入函数名plot的时候,我们会得到如下结果:

function (x, y, ...)

{

if (is.null(attr(x, "class")) &&is.function(x)) {

nms <- names(list(...))

if (missing(y))

y <- {

if (!"from" %in% nms)

0

else if (!"to" %in% nms)

1

else if (!"xlim" %in% nms)

NULL

}

if ("ylab" %in% nms)

plot.function(x, y, ...)

else plot.function(x, y, ylab = paste(deparse(substitute(x)),

"(x)"), ...)

}

else UseMethod("plot")

}

<environment: namespace:graphics>

请注意plot函数中也出现了UseMethod这个函数,但是和mean不同的是,前面有相当多的语句用于处理其他一些事情。这个时候,我们也使用methods(plot)来看看,得到如下结果:

plot.acf* plot.data.frame*plot.Date* plot.decomposed.ts* plot.default

plot.dendrogram*plot.densityplot.ecdf plot.factor*plot.formula*

plot.hclust*plot.histogram* plot.HoltWinters* plot.isoreg*plot.lm

plot.medpolish* plot.mlmplot.POSIXct* plot.POSIXlt* plot.ppr*

plot.prcomp*plot.princomp* plot.profile.nls* plot.spec plot.spec.coherency

plot.spec.phase plot.stepfunplot.stl* plot.table* plot.ts

plot.tskernel* plot.TukeyHSD

不看不知道,一看吓一跳,还以为我们输入plot的输出就是函数本身,结果也许不是如此。可能有人已经理解了,其实最后的UseMethod函数实在默认的调用plot.default函数,赶快再看看plot.default函数吧,发现它再调用plot.xy函数,再看看plot.xy函数,再plot.xy函数中调用了一个.Internal(plot.xy(xy, type, pch, lty, col, bg, cex, lwd, ...))函数,也许这就是真正起作用的函数了吧。思路基本上就是如此了,是否这个时候您可以获得一些阅读查找R函数内容的乐趣。

除了直接输入FUN.default形式外,还可以使用getS3method(FUN,"default")来获得代码。这样就解决了绝大多数函数代码查看的工作了。

在第二种情况种,我们说了一般可以通过FUN.default获得想要的结果。但是只有称为generic的函数才有这种“特权”。而lm等则没有,不过我们也可以尝试使用methods(lm)来看看结果如何,发现:

[1] lm.fit lm.fit.null lm.influence lm.wfit lm.wfit.null

Warning message:

function 'lm' appears not to be generic in: methods(lm)

出现了警告信息,表示说lm不是泛型函数,但是还是给出了结果lm.fit等,大致上可以看成是和lm相关的系列函数吧。这样子就出现了有趣的局面,比如说既有plot.ts,也有ts.plot。

依照第三种情况,我们发现竟然有的函数用星号标识了的,比如plot.stl*等,当我们输入plot.stl,甚至是plot.stl*的时候都会给出 要么找不到这个对象,要么干脆是代码错误的信息。原来凡是用了*标识的函数,都是隐藏起来的函数,估计是怕被人看见(其实这是玩笑话)!我们要看这些函数 的代码,我们该怎么办呢?其实也很容易,使用功能强大的getAnywhere(FUN),看看这个函数的名称,就可以猜想到它的功能估计是很强大的, Anywhere的内容都可以找到!getAnywhere(plot.stl)的结果如下:

A single object matching 'plot.stl' was found

It was found in the following places

registered S3 method for plot from namespace stats

namespace:stats

with value

function (x, labels = colnames(X), set.pars = list(mar = c(0,

6, 0, 6), oma = c(6, 0, 4, 0), tck = -0.01, mfrow = c(nplot,

1)), main = NULL, range.bars = TRUE, ..., col.range = "light gray")

{

sers <- x$time.series

ncomp <- ncol(sers)

data <- drop(sers %*% rep(1, ncomp))

X <- cbind(data, sers)

colnames(X) <- c("data", colnames(sers))

nplot <- ncomp + 1

if (range.bars)

mx <- min(apply(rx <- apply(X, 2, range), 2, diff))

if (length(set.pars)) {

oldpar <- do.call("par", as.list(names(set.pars)))

on.exit(par(oldpar))

do.call("par", set.pars)

}

for (i in 1:nplot) {

plot(X[, i], type = if (i <nplot)

"l"

else "h", xlab = "", ylab = "", axes = FALSE, ...)

if (range.bars) {

dx <- 1/64 * diff(ux <- par("usr")[1:2])

y <- mean(rx[, i])

rect(ux[2] - dx, y + mx/2, ux[2] - 0.4 * dx, y -

mx/2, col = col.range, xpd = TRUE)

}

if (i == 1 &&!is.null(main))

title(main, line = 2, outer = par("oma")[3] >0)

if (i == nplot)

abline(h = 0)

box()

right <- i%%2 == 0

axis(2, labels = !right)

axis(4, labels = right)

axis(1, labels = i == nplot)

mtext(labels[i], side = 2, 3)

}

mtext("time", side = 1, line = 3)

invisible()

}

<environment: namespace:stats>

注意到前面有一段解释型的语言,描述了我们要找的这个函数放在了什么地方等等。其实对任意我们可以在R中使用的函数,都可以先试一试getAnywhere,看看都有些什么内容。算是一个比较“霸道”的函数。

在上面plot.xy函数中,我们还可以看到.Internal这个函数,类似的也许还可以看到.Primitive、.External、.Call等函数这就和R系统内部工作方式和与外部接口的定义有关了,如果对这些函数有兴趣的话,就要学习组成R系统的源代码了。

最后,如果真的想阅读组成R系统本身的源代码,在各个CRAN中均有下载。你可以得到组成R系统所需要的材料。其中很多C语言(还有就是F)的源代码,均 是精心挑选过的算法,哪怕就是想学从头到尾编写具体的算法,也是学习的好材料。同时,你可以看到R系统内部是如何构成的,理解了这些对于高效使用R有至关 重要的作用。这个范畴的材料就要着重看一看R-Lang和R-inits了。

至此,R中阅读代码的内容就依照我的理解介绍了一下。随后将有一些R代码示例的分析注解、语言本身、R应用的和行业使用的材料翻译和具体例子说明。欢迎大家多多和我交流,一起进步。

出现这类情况的原因在于虚拟光驱导入不准确导致的。

方法一:1、首先鼠标点击右键“Maxon-start”。2、然后会显示包内容。3、接下来打开“contents-Macos”。4、找到“Maxon-start”文件(有个exec图标的),点击打开即可。

方法二:计算机—cd驱动器右击—ios——加载——选择ISO文件—双击cd驱动器—然后点开安装文件就好了的。

Sys.Date( ) returns today's date.

date() returns the current date and time.

# print today's date

today <-Sys.Date()

format(today, format="%B %d %Y")

"June 20 2007"

# convert date info in format 'mm/dd/yyyy'

strDates <- c("01/05/1965", "08/16/1975")

dates <- as.Date(strDates, "%m/%d/%Y")

# convert dates to character data

strDates <- as.character(dates)

--------------------------------------

>as.Date('1915-6-16')

[1] "1915-06-16"

>as.Date('1990/02/17')

[1] "1990-02-17"

>as.Date('1/15/2001',format='%m/%d/%Y')

[1] "2001-01-15"

>as.Date('April 26, 2001',format='%B %d, %Y')

[1] "2001-04-26"

>as.Date('22JUN01',format='%d%b%y') # %y is system-specificuse with caution

[1] "2001-06-22"

>bdays = c(tukey=as.Date('1915-06-16'),fisher=as.Date('1890-02-17'),

+ cramer=as.Date('1893-09-25'), kendall=as.Date('1907-09-06'))

>weekdays(bdays)

tukey fisher cramer kendall

"Wednesday""Monday""Monday""Friday"

>dtimes = c("2002-06-09 12:45:40","2003-01-29 09:30:40",

+"2002-09-04 16:45:40","2002-11-13 20:00:40",

+"2002-07-07 17:30:40")

>dtparts = t(as.data.frame(strsplit(dtimes,' ')))

>row.names(dtparts) = NULL

>thetimes = chron(dates=dtparts[,1],times=dtparts[,2],

+ format=c('y-m-d','h:m:s'))

>thetimes

[1] (02-06-09 12:45:40) (03-01-29 09:30:40) (02-09-04 16:45:40)

[4] (02-11-13 20:00:40) (02-07-07 17:30:40)

>dts = c("2005-10-21 18:47:22","2005-12-24 16:39:58",

+ "2005-10-28 07:30:05 PDT")

>as.POSIXlt(dts)

[1] "2005-10-21 18:47:22" "2005-12-24 16:39:58"

[3] "2005-10-28 07:30:05"

>dts = c(1127056501,1104295502,1129233601,1113547501,

+ 1119826801,1132519502,1125298801,1113289201)

>mydates = dts

>class(mydates) = c('POSIXt','POSIXct')

>mydates

[1] "2005-09-18 08:15:01 PDT" "2004-12-28 20:45:02 PST"

[3] "2005-10-13 13:00:01 PDT" "2005-04-14 23:45:01 PDT"

[5] "2005-06-26 16:00:01 PDT" "2005-11-20 12:45:02 PST"

[7] "2005-08-29 00:00:01 PDT" "2005-04-12 00:00:01 PDT"

>mydate = strptime('16/Oct/2005:07:51:00',format='%d/%b/%Y:%H:%M:%S')

[1] "2005-10-16 07:51:00"

>ISOdate(2005,10,21,18,47,22,tz="PDT")

[1] "2005-10-21 18:47:22 PDT"

>thedate = ISOdate(2005,10,21,18,47,22,tz="PDT")

>format(thedate,'%A, %B %d, %Y %H:%M:%S')

[1] "Friday, October 21, 2005 18:47:22"

>mydate = as.POSIXlt('2005-4-19 7:01:00')

>names(mydate)

[1] "sec" "min" "hour" "mday" "mon" "year"

[7] "wday" "yday" "isdst"

>mydate$mday

[1] 19