怎么把表达值与ENSEMBL匹配用r语言

Python019

怎么把表达值与ENSEMBL匹配用r语言,第1张

R语言中文本处理的重要一环，而R里面最强大的文本处理公式就是grep()一类的general函数(无需添加任何新的package)。

下面以人类基因为例：

library('biomaRt')

mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl"))

genes <- rownames(pbmc.markers)

G_list <- getBM(filters= "ensembl_gene_id", attributes= c("ensembl_gene_id","hgnc_symbol"),values=genes,mart= mart)

其中genes为一个向量，打印出来，如： "ENSG00000197579" "ENSG00000123096" "ENSG00000143815" "ENSG00000118257"