R语言-第一次用RStudio 画热图

Python05

R语言-第一次用RStudio 画热图,第1张

作业

读取文件用得比较多的参数有:

“header”,“sep”,“quote”,“na.strings”,“fill”,“strip.white ”,“blank.lines.skip”,“comment.char ”,“”等等。

read.csv里的参数不多,如运行以下命令时,读取文件用得比较多的参数有,“header”,“ sep ”,“ quote”,“dec”,“fill ”,“comment.char ”。

在RStudio中从文件夹“file”的子目录“New file”里打开R markdown:

了解markdown一些选项和图标的功能:

如图中的解释:

R语言中的pheatmap包是制作热图的一个工具,在基因表达中,根据得来的实验数据,在使用pheatmap制作的基因表达或其它测试结果的热图中,如可以用不同颜色展示基因的表达量的差异。

注:引用网上的数据( https://blog.csdn.net/sinat_38163598/article/details/72770404 )练习,刚接触,需要花一些时间去了解

补充:

1.今天涉及到一些快捷键的使用

输入简单的向量,paste和paste0输入方式是一样的,如:

输入多个向量,paste需要在每个向量间用sep = " ",分开。

数据准备

函数:legend(location, title, legend, ....)

参数详解:

x和y:用于定位图例,也可用关键词"bottomright", "bottom", "bottomleft", "left", "topleft", "top", "topright", "right" 和 "center";当图例用关键词设置位置后,inset = 分数,可以设置其相对位置;

legend:指定图例标签,字符或表达式向量;

fill:用特定的颜色进行填充;

col:设置图例中出现的点或线的颜色;

border:当fill = 参数存在的情况下,用于指定填充的边框颜色;

lty, lwd:图例中线的类型与宽度;

pch:点的类型;

angle:阴影的角度;

density:阴影线的密度;

cex:指定图例显示大小;

bg:指定图例的背景色;

bty:指定图例框是否画出,默认o为画出,n为不画出;

box.lty, box.lwd, box.col: 设置图例边框线型,线粗,颜色,box.lty为虚线,box.lwd决定粗线,box.col决定颜色;

pt.bg:图例中点的背景色;

pt.cex:图例中点的大小;

pt.lwd:图例中点边缘的线宽;

x.intersp:图例中文字离图片的水平距离;

y.intersp:图例中文字离图片的垂直距离;

adj:图例中字体的相对位置;

text.width:图例中字体所占的宽度,调整后图例整个宽度也跟着变化了;

text.col:图例字体的颜色;

text.font:图例字体;

merge:逻辑值,merge=TRUE,合并点与线,但不填充图例框,默认为TRUE;

trace:逻辑值,trace=TRUE显示图例信息;

plot:逻辑值,plot=FALSE不画出图例;

ncol:图例中分类的列数;

horiz:逻辑值,horiz=TRUE,水平放置图例;

title:给图例加标题;

xpd:xpd=FALSE,即不允许在作图区域外作图,改为TRUE即可,与par()参数配合使用;

title.col:标题颜色;

title.adj:图例标题的相对位置,0.5为默认,在中间。0最左,1为最右;

seg.len:指定图例中线的线长,长度单位为字符宽度。

1 图例方位

2 修饰图例

3 图例绘制在图外

4 自定义图例

有时候绘制出的图是分组图,这时候需要自定义绘制图例。

参考资料:

《R语言实战》(中文版),人民邮电出版社,2013.

R语言绘制图例(legend)的各种问题_详细综合解析, https://blog.csdn.net/xiangyong58/article/details/54579293

投必得R语言教程,第二讲 R作图-基础-图形参数设置:标题、图例、文字, https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU1Mzc3OTIwNg==&mid=2247495531&idx=1&sn=cdd80d4e950ae2b344cf188c68922fa8&chksm=fbef0602cc988f14e93b71bc6fcc2fda782d3ae9a3a67601a6c87756f4ae85bcc5d9c56d9b51&scene=21#wechat_redirect

一幅图解决R语言绘制图例的各种问题, https://blog.csdn.net/weixin_30469895/article/details/96649305