此处的ld.x是一个x轴和y轴一样的矩阵，代码中选取了前20行和20列进行画图。这个赋值一个snp.position就能得到snp在染色体的位置。
这里新学到一个函数pa。可以看到LD.plot有一个graphical.par参数，是对图性进行修改的，但是我当时没理解这里具体怎么修改，修改哪些成份。后来发现R语言画图有par函数。直接输入par就可以看到其中有哪些参数了。这些参数和graphical.par是对应的。
1）根据图纸的大小，画出两条互相垂直的射线，作为纵轴和横轴
（2）在横轴上适当分配条形的位置，确定直条的宽度和间隔。
（3）在纵轴上确定单位长度，并标出数量的标记和计量单位。
（4）根据数据的大小，画出长短不同的直条。并标上标题。
（5）若条形太小可适当在条形内画上颜色等区分。
r语言条形图怎么添加图例？
1、把数据拷贝到origin worksheet里面。
2、选中数据，使用“line+symbol”方式绘图。
3、再绘制另外一条线，这时注意是选中第二组数据后，回到graph图形界面，把这组数据图形添加到已有图片上，graph-add plot to layer-line and symbol。
4、进行图标symbol设置，设置为三角形。双击线就会出现plot detail，或者选中线后右键plot details。
5、进行图例显示设置，选中图例/图标，右键properties进入设置，注意格式为“\l(线编号)名称”。
6、录入编辑，其实还可以设置字体什么的等等。
用as.matrix, 如果数据类型都相符>help(as.matrix)
>t<-read.delim("t.txt", header=T)
>t
t1 t2
1 1 2
2 15 33
>aMat<-as.matrix(t)
>aMat
t1 t2
[1,] 1 2
[2,] 15 33
>class(aMat)
[1] "matrix"
