这个包支持列表或数据框的数据作为输入
1.4.1 美化颜色和大小
颜色填充参数:
fill_color - 默认是 c("blue", "yellow", "green", "red")
fill_alpha - 默认是 0.5
边线设置参数:
stroke_color - 默认是 "black"
stroke_alpha - 默认是 1
stroke_size - 默认是 1
stroke_linetype - 默认是 "solid"
集合名字设置:
set_name_color - 默认是 "black"
set_name_size - 默认是 6
图形中字体设置:
text_color - 默认是 "black"
text_size - 默认是 4
以上所有的参数都可以用于 ggvenn() 和 geom_venn()
1.4.2 展示元素
show_elements - 默认是 FALSE
label_sep - text used to concatenate elements, default is ","
1.4.3 隐藏百分比,改变百分比的小数点位数
show_percentage - 默认是TRUE
digits - 默认是 1
参数:
VennDiagram函数包最大能绘制5个数据集合的韦恩图。
参考:
https://github.com/yanlinlin82/ggvenn
R语言画维恩图--ggvenn
venn.diagram函数文档
The R Graph Gallery绘图教程
https://cloud.tencent.com/developer/article/1675092
https://www.jianshu.com/p/f858521828a5
ggsurvplot(fit, #生存分析结果
data = NULL, #a dataset used to fit survival curves
fun = NULL, # 定义生存曲线转换的任意函数。 经常使用的转换可以用字符参数指定:“event”绘制累积事件(f(y) = 1-y),“cumhaz”绘制累积风险函数(f(y) = -log(y)),“pct”以百分比表示生存概率。
color = NULL, #曲线颜色
palette = NULL, #颜色调色板,可选调色板有 "grey","npg","aaas","lancet","jco", "ucscgb","uchicago","simpsons"和"rickandmorty".
linetype = 1, #线条形状,可以用数值型向量1,2表示,也可以用字符串向量c("solid", "dashed").
conf.int = FALSE, #是否画出置信区间
pval = FALSE, #是否显示P值
pval.method = FALSE, #是否添加计算P值得方法得文本,前提是pval = TRUE
test.for.trend = FALSE, #默认是F,如果TURE,返回trend Pvalues检验。 趋势检验旨在检测生存曲线的有序差异。 也就是说,至少对一个群体来说。 只有组数为>2时,才能进行趋势测试。
surv.median.line = "none", #画一条水平或者垂直得生存中位值线,允许的值有c("none", "hv", "h", "v"). v: 垂直vertical, h:水平horizontal.
risk.table = FALSE, #是否显示风险table。其他值有absolute" or "percentage",显示绝对数值/百分比;参数"abs_pct" ,百分比以及绝对数值都显示
cumevents = FALSE, # logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of events.
cumcensor = FALSE, #logical value specifying whether to show or not the table of the cumulative number of censoring.
tables.height = 0.25, #设置table得高度,取值范围0-1
group.by = NULL, #包含分组变量名称得字符串向量。长度<=2
facet.by = NULL, #一个字符向量,包含将生存曲线分成多个面板的分组变量的名称。
add.all = FALSE, #一个逻辑值。 如果为TRUE,则在主图中添加合并患者(null model)的生存曲线。
combine = FALSE, # a logical value. If TRUE, combine a list survfit objects on the same plot.
ggtheme = theme_survminer(), #主题名称
tables.theme = ggtheme, #主题名称,默认是theme_survminer.
... #后面描述的参数和其他参数将被传递给ggplot2 geom_*()函数,如linetype, size, ii)或ggpar()函数来定制图形。 看到的细节部分
)
前面给大家讲了☞ 【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比 ,有小伙伴对文中的两个堆积柱形图比较感兴趣。那么今天我们就来聊聊这两张图是如何绘制出来了。
我们还是以☞ 【R语言】百分比表格删除两行重新计算百分比 中的数据为例
就可以得到如下两张突击柱形图
删除行之前
删除行之后
参考 R绘制堆积柱形图 获取“all_pool_species_sample.txt” 文件