ID转换用到的是 bitr() 函数,bitr()的使用方法:
org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型
keytypes() :keytypes(x),查看注释包中可以使用的类型
columns() :类似于keytypes(),针对org.Hs.eg.db两个函数返回值一致
select() :select(x, keys, columns, keytype, ...) eg.
函数enrichGO()进行GO富集分析,enrichGO()的使用方法:
举例:
GO注释是对某个特定基因功能的描述。每一条GO注释由一个基因和相应的GO term组成。这些描述一起构成了当前的生物学认知的“快照”。关于基因功能的碎片化的认知可能建立在不同的等级之上,这就是为什么每条GO注释总是会引用其基础的证据。证据以GO“证据码”的形式呈现,具体可能是一个已发表的文献或者创建这条注释的方法。所有的GO注释,最终都会被科学文献支持。GO证据码描述了证据并且粗略的反应了这条注释与直接的实验证据相距多远,以及这条注释是否被专家评估过。