转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图

Python019

转录组不求人系列(十三): GO、KEGG富集个性化作图,第1张

当富集分析完成,拿到如下的分析结果后,就可以进行作图了。

富集分析结果的可视化无非就是柱状图和气泡图,但是公司默认出图实在是太丑,所以还是自己动手修改修改。

一、常规柱状图(ggplot2)

横轴为gene counts,或者用-logP也行,填充相应的用P值或者gene counts。ggplot画图的好处就是可以进行很多调整。

二、常规气泡图(ggplot2)

气泡图与柱状图如出一辙,只是在展示方式上出现了差别。一个用geom_bar()函数,气泡图类似于散点图用geom_point()函数。

三、上下调同时展示(ggplot2)

很多时候研究者拿到差异基因后,上下调基因是分别富集的,在展示上需要同时体现二者,我们之前提到metascape可以做到: 转录组不求人系列(十二): Cell文章最喜欢用的差异基因GO、KEGG富集分析工具 ,除此之外,之前讲过的气泡图也可以展现多组的结果: 复现《nature communications》图表(四):ggplot画多组富集气泡图 。这里我们继续提供一种bar图的展示方式。将down的数值调整为负,做一列分组,就可以展示了。

当然了,以上所说的可视化还是比较常规,在基础上可以自己做调整。也有一些文章总是标新立意,有很多奇特的展现方式,我们会在之后的系列中讲解。

Grafana是一款用Go语言开发的开源数据可视化工具,可以做数据监控和数据统计,带有告警功能。目前使用grafana的公司有很多,如paypal、ebay、intel等。

①可视化:快速和灵活的客户端图形具有多种选项。面板插件为许多不同的方式可视化指标和日志。

②报警:可视化地为最重要的指标定义警报规则。Grafana将持续评估它们,并发送通知。

③通知:警报更改状态时,它会发出通知。接收电子邮件通知。

④动态仪表盘:使用模板变量创建动态和可重用的仪表板,这些模板变量作为下拉菜单出现在仪表板顶部。

⑤混合数据源:在同一个图中混合不同的数据源!可以根据每个查询指定数据源。这甚至适用于自定义数据源。

⑥注释:注释来自不同数据源图表。将鼠标悬停在事件上可以显示完整的事件元数据和标记。

⑦过滤器:过滤器允许您动态创建新的键/值过滤器,这些过滤器将自动应用于使用该数据源的所有查询。

Dashboard的建立都是基于某一个数据源的,所以要先加一个数据源。

可视化方式有很多种,不过Graph、Table、Pie chart 这三种基本就已经满足数据展现要求了。

把这个Graph折线图Copy一份,改一下展现方式即可。

注意:默认添加完table后,如果有数字,会以K为单位,比如将300000展示位30k。

数字展示方式修改,Add column style:

当表格中出现数据后,需要通过筛选条件进行筛选,grafana提供了模板变量用于自定义筛选字段。

Type:定义变量类型

Query:这个变量类型允许您编写一个数据源查询,该查询通常返回一个 metric names, tag values or keys。例如,返回erver names, sensor ids or data centers列表的查询。

interval:interval值。这个变量可以代表时间跨度。不要按时间或日期直方图间隔硬编码一个组,使用这种类型的变量。

Datasource:此类型允许您快速更改整个仪表板的数据源。如果在不同环境中有多个数据源实例,则非常有用。

Custom:使用逗号分隔列表手动定义变量选项。

Constant:定义一个隐藏常数。有用的metric路径前缀的dashboards,你想分享。在dashboard export,期间,常量变量将作为一个重要的选项。

Ad hoc filters:非常特殊类型的变量,只对某些数据源,InfluxDB及Elasticsearch目前。它允许您添加将自动添加到使用指定数据源的所有metric查询的key/value 过滤器。

上面的Table和Graph分别使用了interval和query来定义变量进行筛选,不再重复。

grafana只有graph支持告警通知。

grafana的告警通知渠道有很多种,像Email、Teams、钉钉等都有支持。

在grafana.ini中开启告警:

要能发送邮件通知,首先需要在配置文件grafana.ini中配置邮件服务器等信息:

Grafana是个功能强大、展现层很漂亮的数据可视化监控工具,本篇主要介绍了Grafana基于MySQL数据源的安装及常用姿势,也支持其他数据源如ElasticSearch、InfluxDB等。更多内容可看 官网

1、反射可以在运行时 动态获取变量的各种信息 ,比如变量的类型、类别;

2、如果是结构体变量,还可以获取到结构体本身的信息(包括结构体的字段、方法);

3、通过反射,可以修改 变量的值 ,可以调用关联的方法;

4、使用反射,需要import " reflect ".

5、示意图:

1、不知道接口调用哪个函数,根据传入参数在运行时确定调用的具体接口,这种需要对函数或方法反射。

例如以下这种桥接模式:

示例第一个参数funcPtr以接口的形式传入函数指针,函数参数args以可变参数的形式传入,bridge函数中可以用反射来动态执行funcPtr函数。

1、reflect.TypeOf(变量名),获取变量的类型,返回reflect.Type类型。

2、reflect.ValueOf(变量名),获取变量的值,返回reflect.Value类型reflect.Value是一个结构体类型。

3、变量、interface{}和reflect.Value是可以互相转换的,这点在实际开发中,会经常使用到。

1、reflect.Value.Kind,获取变量的 类别(Kind) ,返回的是一个 常量 。在go语言文档中:

示例如下所示:

输出如下:

Kind的范畴要比Type大。比如有Student和Consumer两个结构体,他们的 Type 分别是 Student 和 Consumer ,但是它们的 Kind 都是 struct 。

2、Type是类型,Kind是类别,Type和Kind可能是相同的,也可能是不同的。

3、通过反射可以在让 变量 在 interface{} 和 Reflect.Value 之间相互转换,这点在前面画过示意图。

4、使用反射的方式来获取变量的值(并返回对应的类型),要求数据类型匹配,比如x是int,那么久应该使用reflect.Value(x).Int(),而不能使用其它的,否则报panic。

如果是x是float类型的话,也是要用reflect.Value(x).Float()。但是如果是struct类型的话,由于type并不确定,所以没有相应的方法,只能 断言。

5、通过反射的来修改变量,注意当使用SetXxx方法来设置需要通过对应的指针类型来完成,这样才能改变传入的变量的值,同时需要使用到reflect.Value.Elem()方法。

输出num=20,即成功使用反射来修改传进来变量的值。

6、reflect.Value.Elem()应该如何理解?