R语言ggtree:将进化树中的序列id改成物种名称

Python012

R语言ggtree:将进化树中的序列id改成物种名称,第1张

这个问题是来源于公众号的一位读者的提问

这样就替换过来了

这样就达成目的了

这样就没有问题了

更改进化树上名字大小,需要在字体中设置。

打开字体,里面有“字体”“字形”“大小”,三个选项,只需要调节字体,然后点确定就可以。

进化树,英文Evolutionary Trees。在生物学中,用来表示物种之间的进化关系,又称“系统树”、“系谱树”。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近,把各类生物安置在有分枝的树状的图表上,简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种,如果每一条边都被赋予一个适当的权值,那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。从进化树中还可看出:生物进化有一个规律,都是从水生到陆生,从低等到高等,从简单到复杂。

构建进化树的方法包括两种:一类是序列类似性比较,主要是基于氨基酸相对突变率矩阵(常用PAM250)计算不同序列差异性积分作为它们的差异性量度(序列进化树);另一类在难以通过序列比较构建序列进化树的情况下,通过蛋白质结构比较包括刚体结构叠合和多结构特征比较等方法建立结构进化树。

现在假设你已经拿到了nwk格式的进化树文件,如下

现在进化树的所有信息都存储在了 tree 这个变量里

用到的的 geom_tiplab()

可以首先加上 theme_tree2() 函数显示出坐标轴范围,然后用 xlim() 函数更改坐标轴范围

这里布局的参数就不一一介绍了,可以参考 https://yulab-smu.top/treedata-book/chapter4.html