网络-R语言进行网络分析的基础包 igraph

Python010

网络-R语言进行网络分析的基础包 igraph,第1张

图有一个类' Igraph '。下面是一个示例,一个使用make_ring创建的环形图:

如果想查看图形的边,可以使用print_all函数:

要创建具有给定结构的小图形,graph_from_literal函数可能是最简单的。它使用R的公式界面,它的手册页包含了许多示例。另一种选择是graph函数,它直接接受数值顶点id。graph.atlas从 Graph Atlas创建图,make_graph 函数可以创建一些特殊的图。

igraph中有很多用于创建图的函数,有确定性的,也有随机的随机图构造器称为‘games’。

要从字段数据创建图,graph_from_edgelist、graph_from_data_frame和graph_from_adjacency_matrix可能是最好的选择。

igraph包括一些经典的随机图,如Erdos-Renyi GNP and GNM graphs (sample_gnp, sample_gnm),以及一些最近流行的模型,如preferential attachment (sample_pa) and the small-world model (sample_smallworld)。

对于边也是一样,边id总是在1到m之间,m是图中边的总数。

顶点和边在igraph中都有数值的顶点id。顶点id从1开始,总是连续的。即对于一个有n个顶点的图,顶点id在1到n之间。如果某些操作改变了图中的顶点数,例如通过induced_subgraph创建了一个子图,那么顶点将重新编号以满足这个条件。

在igraph中,可以将属性赋给图的顶点或边,或者赋给图本身。igraph提供了基于属性值选择一组顶点或边的灵活构造,有关详细信息,请参阅vertex_attr、V和E。

一些顶点/边/图属性被特殊处理。其中一个是“name”属性。这用于打印图形,而不是数字id(如果存在)。在所有igraph函数中,顶点名称也可以用来指定一个向量或顶点集。例如,度有一个v参数,它给出了度被计算的顶点。这个参数可以作为顶点名称的字符向量给出。

边也可以有一个“name”属性,这也是特别处理的。就像顶点一样,边也可以根据它们的名字来选择,例如在delete_edges和其他函数中。

我们注意到,顶点名称也可以用来选择边。形式“from|to”,其中“from”和“to”是顶点名称,选择一个单一的,可能是有方向的,从“from”到“to”的边。这两种形式也可以在同一个边选择器中混合。

如果您使用save和load来存储/检索图形,那么所有的属性值都将被保留。

igraph提供了三种不同的可视化方法。首先是情节。igraph函数。(实际上你不需要写情节。igraph, plot就够了。这个函数使用常规的R图形,可以与任何R设备一起使用。

第二个函数是tkplot,它使用一个Tk GUI来进行基本的交互式图形操作。(Tk非常需要资源,所以不要对非常大的图尝试这种方法。)

第三种方法需要rgl包并使用OpenGL。

igraph可以处理各种图形文件格式,通常用于读写。我们建议对图形使用GraphML文件格式,除非图形太大。对于较大的图形,建议采用更简单的格式。有关详细信息,请参阅read_graph和write_graph。

igraph development team

igraph Tutorials

系列文章:

networkD3 绘制动态网络

资料:《Statistical Analysis of Network Data with R》

语言R常见的网络分析包:

网络分析研究大部分是描述性的工作。

网络的可视化 即是一门艺术,也是一门科学。

三元闭包体现了社会网络的“传递性”(transitivity),枚举所有节点三元组中构成三角形的比值来表征。

网络的可视化和数值特征化是网络分析的首要步骤之一。

网络可视化视图将数据的多个重要反面整合在一个图表中。

该节点在多大程度上会与同类型或者不同类型的其他节点进行匹配,可以通过一种相关性统计量(所谓的同配系数)进行量化。

将复杂系统中感兴趣的问题与合适的网络概括性度量匹配起来,是网络特征化方法起作用的关键所在。

网络中的频繁子图模式

网络聚类系数的分布,用来检验社会网路的聚集性上

sand安装包

网络数据统计分析 statistical analysis of network data

在CRAN上

G=(V,E)

节点 :vertices 或者 nodes

边:edges 或者 links

节点数量:图的阶数 order

边的数量:图的规模 size

同构图 isomorphic

无向 undirected

有向 directed graph 或者 digraph

边:有向边 directed edges 或 弧 arcs

双向 mutual

小的图形用 formulate来创建

把mg转化为wg2

Zachary 空手道俱乐部网络 (karate club network)

数据集合实际上只存在两个社团,分别以教练为中心和以主管为中心。

Lazega律师网络可视化

srt() 不能用使用 upgrade_graph()d代替

DrL算法,针对大型网络可视化设计的布局算法。

节点的节点,即社区节点(主题节点)

即一个中心节点,一其直接相连的邻居,以及这些节点至今的边。

度值不同的节点以何种方式彼此连接

图的密度

全局聚类系数

局部聚类系数

互惠性 reciprocity

二元组普查

在最短路算法的基础上,每替换一次k点时该点介数+1,(k,j)边介数+1,不知道你的最短路总数怎么算,是包括所有的还是只包括3节点以上的路?反正再除下最短路总数就出来了。R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件,它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具。