谷歌了一下,找到了 forestplot 这个包,下面根据 文档 学习一波。
安装:
森林图可以与文本连接起来并自定义。
下面是一个使用文本表的例子:
在上面基础进行增改:
我们可以修改线条类型和它所影响的范围:
为端点增加垂线:
还可以更改风格:
简单的,给超出范围的区间加箭头(clip):
这在对比时非常有用:
可以用方块、圆圈等:
添加一个基本图例:
通过设定参数可以进一步自定义:
我们可以手动设定想要的刻度
我们可以给想要的刻度加标签:
如果图形太高我们可能还需要增加辅助线以显示对应的刻度:
最后我们可以自定义想要的网格:
下面两种 structure 的书写方式是一致的:
文章作者 王诗翔
上次更新 2018-09-10
许可协议 CC BY-NC-ND 4.0
1、下载RStudio软件;安装对应的rtool,两者关联。2、新建变量导入数据集。
3、导入安装包。
4、使用对应的函数对其中的数据显示各层次进行配置,最后显示。
森林图(forest plot),一般是指在平面直角坐标系中,以一条垂直于X轴的无效线(通常坐标X=1或0)为中心,用若干条平行于X轴的线段,来表示每个研究的效应量大小及其95%可信区间,并用一个棱形来表示多个研究合并的效应量及可信区间,它是Meta分析中最常用的结果综合表达形式。实际上,除了Meta分析,森林图还有很多用处。森林图可以直观的反映出效应量(例如RR、OR、HR或者WMD)大小及其95% CI等。
本篇文章利用ggplot2包进行绘制森林图(严格意义上应该叫meta分析效应量图),关于ggplot2的基本用法这里不在叙述。
这里想用发表在SBB上的一篇meta分析文章( https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2020.108118 )中的图作为模板,进行绘制。
[1] https://zhuanlan.zhihu.com/p/340207465
[2] Feng, J. G., Zhu, B., 2021. Global patterns and associated drivers of priming effect in response to nutrient addition. Soil Biology and Biochemistry 153, 108118. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2020.108118 .