LD系数衰退速度会受到不同因素的影响而有所不同。常见的因素包括：
1）物种类型LD存在的本质是两个位点的连锁遗传导致的相关性。但这种相关性理论上会随着世代的增加、重组次数的增加而不断下降。所以，那些繁殖力强、时代间隔短的物种（例如，昆虫），其LD衰减的速度是非常快的。例如在家蚕和野蚕群体中，LD系数下降到最大值的1/2仅仅需要46bp和7bp的距离
2）群体类型相同物种的不同群体，由于其遗传背景不同，LD衰减速度也存在很大的差异。驯化选择，会导致群体遗传多样性下降，位点间的相关性（连锁程度）加强。所以，通常驯化程度越高，选择强度越大的群体，LD衰减速度是最慢的。例如，栽培稻比野生稻通常更大的LD衰减距离。类似的，自然选择、遗传漂变导致的群体遗传多样性下降，也会减慢LD衰减的速度。
3）在染色体的位置染色体不同区域的LD衰减距离而是不同的。通常着丝粒区更难重组，所以LD衰减更慢。而基因组上那些受选择的区域相比普通的区域，LD衰减速度也是更慢的。
发现不止1000kb
用poplddecay画图时会返回有以下内容的文件，前两列是画图所需的的数据
其中列名#Dist、Mean_r^2在R语言中无法识别，所以首先要改列名
基础知识参考文章：
https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fwww.omicshare.com%2Fforum%2Fthread-878-1-1.html
q1, 首先要确定是barplot还是hist，如果是barplot的话，应该不存在breaks的问题，因为barplot的传入参数是个矩阵；
我假设你要画的是个hist，我偶遇过这个问题，我的理解是hist的breaks的值要能被范围整除才行；比如x=1:200，break=7的话，就只能画出4个柱来，但如果breaks=10就没问题；基本上是这样的，偶尔也有例外；比如break=5就不行....奇怪得很
最后，没办法的办法，就只能用barplot代替hist了，barplot肯定不会有这个问题，统计下hist参数中的分布情况，转换成矩阵，用barplot吧；
q2, 貌似一般都用一组因素把这些类别区分开，我用abcde，表示你的小学，中学...了，比如这样：
a=1:7b=8:10c=c(9,10,11)d=c(40,55)e=100:110f=factor(c(rep(1,sum(length(a),length(b),length(c))),rep(2,sum(length(d),length(e)))))#先用c()生成数组，在转换成factor，其实数组也ok的，不过plot()中两个数组和factor不一样
x=c(a,b,c,d,e)
plot(x~f)
q3, 就我所知不行；yes或no一定也要是能映射到x，y范围内的点才行；你是想表示分类结果吗？如果是的话，通常用颜色，或者在点旁边的text表示。
q4, 举个例子吧
x=-50:50y=x^2+x+1
z=10*abs(x)+1
plot(x,y,type='l')
lines(x,z,lty=3)
legend(c('type1','type2'), x=-20,y=2500, col=c('black','red'), lty=c(1,3))
legend的x和y是legend的左上角，匿名参数是类型名称，col,lty,pch 是对应的颜色，线类型，和点类型。
最后，我现在多用ggplot2，如果不抵触的话可以看看，和R的基础作图包思路不是很一样，但是图很清新的；
如果还有问题，建议把数据集data.frame粘贴几行上来，我也试试；
