![R和Rstudio终端显示语言的更改[Windows]](/aiimages/R%E5%92%8CRstudio%E7%BB%88%E7%AB%AF%E6%98%BE%E7%A4%BA%E8%AF%AD%E8%A8%80%E7%9A%84%E6%9B%B4%E6%94%B9%5BWindows%5D.png)
rpart包，rpart包是官方推荐的一个包,它的功能就是实现递归分割和回归树。
party包，关于递归分割更为详细的包，它包含了Bagging方法，可以产生条件推断树(conditional inference tree)等；
randomForest包，实现了分类与回归树的随机森林(random forest)算法。
findtree.sh内容如下：
bash findtree.sh genelist.pep.fa
输入文件：genelist.pep.fa 是目标基因的编码的氨基酸的fa格式的文件。里面包含所有要分析的基因的蛋白序列文件。如果是DNA或RNA文件，则需要修改bmge里的 -t 后的参数，DNA就是 DNA ,蛋白质是 AA
输出文件：
genelist.pep.fa.iqtree #里面包含所有的信息，也包含最终选择使用的是哪种模型，会自动使用最佳模型
genelist.pep.fa.treefile #最终的树文件
figtree是一个java程序，可直接在window上运行。导入文件，后续修修就可以了。
ggtree是Y叔的R包，比较复杂。
ggtree可视化iqtree的结果
具体构建发育树的软件非常多，这里主要使用R软件中的tidytree, treeio和ggtree包来进行数据整合、操作和图像绘制(https:yulab-smu.github.io/treedata-book)。
系统发育树的格式非常多，不同的软件输出格式不尽相同。常见的格式有Newick，NEXUS和Phylip。具体格式见treedata-book。
treeio包主要就是用来导入和导出不同格式树文件。主要函数有：
get.fields :获取树对象中的注释信息；
get.placements :获取系统发育树定位信息（phylogenetic placement results）；
get.subs :获取从父节点到子节点的遗传替换信息；
get.tipseq :获取叶节点的序列。
同时 as.phylo 和 as.treedata 能将 phylo 对象和treeio的 S4 对象相互转换。
read.beast() :读取BEAST Nexus；
read.tree() , read.newick() :读取Newick文件；
read.mega() :读取MEGA文件， read.mega_tabular() 读取MEGA表格纯文本格式文件。多数软件的输出格式均有支持，具体见包说明文档。
数据操作主要是通过 tidytree 包来完成。
ape 包是R里做系统发育分析的基础包，所以 tidytree 包提供了 as_tibble 函数来转换 ape 中的 phylo 对象。同时， full_join 函数提供了将其他信息整合到 tbl_tree 的方法，最后， as.treedata 函数将其转成 treedata 对象。
获取树相关节点信息主要是在 tbl_tree 对象中：
y %>% as.treedata %>% as_tibble
主要函数有 child, parent, offspring, ancestor, sibling and MRCA 。
merge_tree() :融合树；
full_join() :整合外部信息；
groupOTU , groupClade :对树进行分组，均可在 tbl_tree , phylo , treedata 对象上操作。
drop_tip() : 去除树中指定节点。
如果树很大，可以用 tree_subset 函数来提取部分结构展示。
ggtree包继承了ggplot2的图层概念，可以利用不同的图层来对信息进行注释。 geom_treescale ：添加树枝比例（遗传距离、分化时间等）；
geom_range ：显示树枝长度的置信区间；
geom_tiplab ：添加叶节点标签；
geom_tippoint 、 geom_nodepoint ：分别为叶节点和内部节点添加符号；
geom_hilight ：用矩形高亮显示分化枝；
geom_cladelabel ：用条形和文字为选择的分化枝进行注释。
https://yulab-smu.github.io/treedata-book/index.html
