安装R语言包的各种坑

Python030

安装R语言包的各种坑,第1张

将R语言安装包拖入虚拟机中Ubuntu Kylin 16.04系统中:

然后查找语言包的位置:

解压文件:

进入解压后的文件夹:

源码编译安装第一步:检查环境以及依赖

报错排查:

缺少编译器,解决办法:

另外还需要安装gcc等工具:

解决方案:安装readline

解决方案:安装libxt-dev

解决方案:源码编译安装zlib

解决方案:源码编译安装bzip2

解决方案:安装xz

解决方案:pcre版本过低,安装pcre-8.41.tar.gz

错误总算排查完了,继续安装R

源码编译安装第一步:检查环境以及依赖

1、通过选择菜单:

程序包->安装程序包->在弹出的对话框中,选择你要安装的包,然后确定。

2、使用命令

install.packages(package_name,dir)

package_name:是指定要安装的包名,请注意大小写。

dir:包安装的路径。默认情况下是安装在..\library 文件夹中的。可以通过本参数来进行修改,来选择安装的文件夹。

3、本地来安装

如果你已经下载的相应的包的压缩文件,则可以在本地来进行安装。请注意在windows、unix、macOS操作系统下安装文件的后缀名是不一样的:

1)linux环境编译运行:tar.gz文件

2)windows 环境编译运行 :.zip文件

3)MacOSg环境编译运行:.tgz文件

注:包安装好后,并不可以直接使用,如果在使用包中相关的函数,必须每次使用前包加载到内存中。通过library(package_name)来完成。 包安装后,如果要使用包的功能。必须先把包加载到内存中(默认情况下,R启动后默认加载基本包),加载包命令:

Library(“包名”)

Require(“包名”) 1、查看包帮忙

library(help=package_name)

主要内容包括:例如:包名、作者、版本、更新时间、功能描述、开源协议、存储位置、主要的函数

help(package = package_name)

主要内容包括:包的内置所有函数,是更为详细的帮助文档

2、查看当前环境哪些包加载

find.package() 或者 .path.package()

3、移除包出内存

detach()

4、把其它包的数据加载到内存中

data(dsname, package=package_name)

5、查看这个包里的包有数据

data( package=package_name)

6、列出所有安装的包

library()

安装R包报错的问题从一开始学生信就一直存在着,但是没有专门整理一下,前两天安装 CHIPseeker 的时候实在受不了了,因为碰见了好多坑,于是在这里专门整理一下,方便自己和他人查看

到这里已经没太有耐心了,然后开始查原因,后面应该加一个 type = "binary"

再试一下

成功解决,安装 XML 时同样也是这个问题 ,跟上面是一种解决方式

安装 TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene 就不能用 biocLite 了

解决办法

解决:去 lib_PATH下把lock文件删掉

这里是 问题 5 的 参考

老版本R,在这里MARK以下

虽然讨论了一些R包安装问题,但这应(jue)该(dui)不会是我最后一次安装报错,以后再遇到会更新的