运用 R语言 pheatmap 包绘制热图进阶部分

Python013

运用 R语言 pheatmap 包绘制热图进阶部分,第1张

在EXCEL中整理好样本和物种的注释信息,当然这个需要依据你的具体需求来确定。

在RStudio 中使用 read.table 函数来导入行或列的分组注释信息

注意: data.1是pheatmap包基础篇中介绍过使用z-score中心化和标准化的数据;

具体可以参考上一期内容

这是注释颜色,好像不是特别好看,根据自己美感慢慢调节

运用R语言 pheatmap 包绘制热图进阶部分的内容就到这结束了。

热图(Heatmap):用颜色变化直观的表达数据之间差异的图,是对实验数据进行质制和差异数据的展现,是数据挖掘类文章的标配。

例如上图,每个小方格表示每个基因,其颜色表示该基因表达量大小,表达量越大颜色越深(红色为上调,蓝色为下调)。每行表示每个基因在不同样本中的表达量情况,每列表示每个样品中所有基因的表达量情况。上方树形图表示对来自不同实验分组的不同样品的聚类分析结果