#载入相关R包
library(rJava)
library(xlsxjars)
library(xlsx)
library(readxl)
library(data.table)
library(dplyr)
# 数据逻辑先验
a1 <- c(0:9)
a2 <- c(5:12,1,2)
a <- data.frame(a1,a2)
a$a <- ((a$a1 + 4) %% 12) + 1
# 路径设置
path.1 <- c("d:\\R")
# for循环与if嵌套实现不同名称对应
for (i in 0:9) {
if(i <5) {A = "180"}
if(i >= 5 &i <8) { A = "18"}
if(i >= 8) {A = "190"}
d = paste0(A, ((i + 4) %% 12) + 1)
path <- paste0(path.1,'\\', d, '-bfz.xlsx')
assign(paste0("bfz-",d), read_excel(path,skip = 4))
i=i+1
}
bd_mob0 <- data.frame()
bd_mob1 <- data.frame()
for (i in 1:length(file_names)){
excel_path <- paste0(path1,file_names[i])
sheet_name <- excel_sheets(excel_path)[6]
bd_mob0 <- cbind(read_excel(excel_path,sheet = sheet_name, skip =3),
账期 = substr(file_names[i],18,25)) # 加入账期
bd_mob1 <- rbind(bd_mob1, bd_mob0)
转自医学方
2019-07-4 Alexander
流行病学或者医学论文中,对研究对象基本情况的描述通常以表格的形式进行,并且放在结果部分的开头,即Table 1,主要内容是研究对象一般情况和研究变量或协变量的分组展示。
前几天文章修回过程中,花了两天时间分析数据,修改文章,其中有近1天的时间都在手动录入数据(从R studio里把分析结果整理到Excel或者word),这样除了花费时间外,还非常容易出错。之前一直想找时间通过R markdown把制作表格的过程程序化,可是效果并不理想。
这次痛定思痛,先从table 1开始,发现了几个不错的方法。其中一种个人觉得可读性和可编辑性都比较强,于是学习了一下,作为一个非常实用的工具分享给大家。
这里主要参考一篇博客Fast-track publishing using knitr: table mania,对细节进行了加工和注释。
1 数据的准备
数据主要来自于boot包的melanoma。加载后,看下数据的基本结构。
接下来对数据进行简单的整理,为后续分析做准备;
将分类变量定义为因子型并设置标签(这里建议设置一个新的变量,仅用于table 1的制作,不影响后续的分析);
2 安装和加载R包 Gmisc
后面两个包是加载“Gmisc”时要求加载的。
3 自定义函数、制作表格
根据已有函数自定义函数,并制作表格。定义一个函数,输入数据集的变量并得到该变量的统计结果:
函数定义完成后,建立一个空的列表,以储存每个变量的分析结果,并进行分析,将结果储存在列表中:
将所有结果merge到一个矩阵中,并建立rgroup(table1第一列的变量名) 和 n.rgroup(table 1第一列每个变量的行数):
结果如下:
当然,有些情况下,需要多加一个分组标题栏(column spanner),该怎么加呢?
如下:
结果如下:
4 导出结果
在R studio viewer窗口点击白色按钮,即可在浏览器中打开,然后复制粘贴到word可以进一步加工修饰。
是不是很刺激呢。
应该还有其他的导出方法,不过这个已经很方便了。
拓展功能选
⒈ 二分类变量只显示一个(比如男性和女性)。只要在getDescriptionStatsBy的"show_all_values"参数设置为FALSE即可;
⒉ 显示缺失值。getDescriptionStatsBy的"useNA"参数设置为"ifany",表示如果有缺失值就显示缺失值情况;如设置为“no”,表示始终不显示缺失值情况;“always”则表示无论是否有缺失值都显示缺失值情况;
⒊ Total一列是可以去掉的,getDescriptionStatsBy的"add_total_col"参数设置为FALSE即可。
不足之处
⒈ 差异性检验是采用非参的方法,虽然没有错,但是一般符合参数检验条件的数据还是要使用参数检验的方法,这里可以自行检验后再修改P-value;
⒉ Mean (SD)的展示形式有个括号感觉有点别扭,还不知道怎么去掉,有方法的小伙伴欢迎分享交流。
另外有一些其他的制作table 1的R包,比如table 1(R包的名字)包,tableone包,还有其他生成表格的R包(plyr等),个人浏览下来感觉这个最容易理解和掌握,其他包的功能有兴趣的可以再自行挖掘对比。
原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s?src=11&timestamp=1562230826&ver=1707&signature=Og8lYPNfFi99QvnQb8OAtkTIo75N9G0JHqvpXxLS5aRpqRcnlgtxXJAMtfgxB8kAK8vinKSxdO6A1qxNy-4k8AyE9wUMYKSarBLDydWO-vazmCNPJIAa5GfaBiFIghaO&new=1
Testlink作为一个开源的项目管理工具,功能是非常强大的。不得不说,在测试用例创建方面功能有些弱。大家都习惯了在excel中写测试用例,当要导入到Testlink中时需要一个一个的创建。
这耗费了大量的时间,在网络不好的情况下还容易出现了延迟,降低了效率。
幸好Testlink提供了XML批量导入测试用例方式,但只支持XML格式,所以这就需要我们把excel转换成XML格式的文件。
由于时间原因,只用到了用例编号 测试用例名字 前提条件 测试步骤 其他均用统一给定值,然后写死在XML中
由于XML生成时的编码问题,元素值中出现<会被替换成(<) >替换成(>) '被替换成(')
在Notepad++里查找替换下就行
如果导入时出现警告:xml_load_ko
可能是R语言默认的编码问题,和本地主机编码不匹配。
解决方法是:在本地创建一个文本,把XML文件内容复制进去,再把后缀名改成xml即可