你得需要绘制地图；（约等于废话）
你得有要绘制地图的地理信息，经纬度啊，边界啊等等；
你得利用2的数据在R中画出来。
以上步骤中，目前最关键的是2，一旦2的数据有了，在R中不就是把它们连起来嘛，这个对于R来说就是调戏它，就跟全民调戏小黄鸡一样。
R语言中绘制地图的思路也是由于2的获取方式不一样而分开的。
第一种思路：有一些R包中存储着常见地图的数据，比如maps包中存有世界地图、美国地图、美国各州郡地图、法国地图以及加拿大城市地图等，加载了这个包，就可以轻松愉快地绘制上述地图。mapdata包中存有中国地图的数据，但是比较旧了，这个数据，重庆还没有从四川分出来呢。
第二种思路：我先去一个地方所画图的地理数据，然后读入R进行绘制。比如由于mapdata中的中国地图比较久远了，谢老大的《终于搞定中国分省市地图》一文中就介绍了，先从国家基础地理信息中心中国各省市的地理数据，之后再绘制。后来肖凯老师又介绍googleVis包也可以按照这个思
非度量多维标度（NMDS）分析
非度量多维标度（Non-metric Multidimensional Scaling，NMDS）是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。
与PCoA相似，NMDS都使用样本相似性距离矩阵进行降维排序分析，但NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。
来看看R的vegan包和ggplot2包是如何绘制NMDS图的。
使用数据文件如下：
①otu_table.txt
②group.txt
方法如下：
1.调用vegan包metaMDS()函数执行NMDS，读取数据；
2.根据物种组成计算样方距离，如 Bray-curtis 距离；
3.NMDS 排序，定义 2 个维度；
4.提取应力函数值、样方得分，查看主要结果；
5.物种变量可通过丰度加权平方被动添加至排序图中；
6.使用ggplot2包作图。
