R语言中的特殊值及缺失值NA的处理方法

Python023

R语言中的特殊值及缺失值NA的处理方法,第1张

R语言中存在一些空值(null-able values),当我们进行数据分析时,理解这些值是非常重要的。

通常来说,R语言中存在:

这四种数据类型在R中都有相应的函数用以判断。

NA即Not available,是一个 长度为1的逻辑常数 ,通常代表缺失值。NA可以被强制转换为任意其他数据类型的向量。

可以采用is.na()进行判断。另外,NA和“NA”不可以互换。

NULL是一个 对象(object) ,当 表达式或函数产生无定义的值 或者 导入数据类型未知的数据 时就会返回NULL。

可以采用is.null()进行判断。

NaN即Not A Number,是一个 长度为1的逻辑值向量

可以采用is.nan()进行判断。另外,我们可以采用is.finite()或is.infinite()函数来判断元素是有限的还是无限的,而对NaN进行判断返回的结果都是False。

Inf即Infinity无穷大,通常代表一个很大的数或以0为除数的运算结果,Inf说明数据并没有缺失(NA)。

可以采用is.finite()或is.finite()进行判断。

理解完四种类型数值以后,我们来看看该采取什么方法来处理最最常见的缺失值NA。

小白学统计在推文《有缺失值怎么办?系列之二:如何处理缺失值》里说“ 处理缺失值最好的方式是什么?答案是:没有最好的方式。或者说,最好的方式只有一个,预防缺失,尽量不要缺失。

在缺失数很少且数据量很大的时候,直接删除法的效率很高,而且通常对结果的影响不会太大。

如数据框df共有1000行数据,有10行包含NA,不妨直接采用函数na.omit()来去掉带有NA的行,也可以使用tidyr包的drop_na()函数来指定去除哪一列的NA。

用其他数值填充数据框中的缺失值NA。

使用tidyr包的replace_na()函数。

使用tidyr包的fill()函数将上/下一行的数值填充至选定列中NA。

除此之外,类似原理的填充法还有均值填充法(用该变量的其余数值的均值来填充)、LOCF(last observation carried forward)、BOCF(baseline observation carried forward)、WOCF(worst observation carried forward)等。

当分类自变量出现NA时,把缺失值单独作为新的一类。

在性别中,只有男和女两类,虚拟变量的话以女性为0,男性为1。如果出现了缺失值,可以把缺失值赋值为2,单独作为一类。由于将缺失值赋值,在统计时就不会把它当做缺失值删除,避免了由于这一个变量缺失而导致整个观测值被删除的情况。

假定有身高和体重两个变量,要填补体重的缺失值,我们可以把体重作为因变量,建立体重对身高的回归方程,然后根据身高的非缺失值,预测体重的缺失值。

参考资料:

在基因芯片数据或其他类型数据中,采用计算所有样本的平均值从而进行填充,如果需要用中位数或其他统计量填充时只需修改相应的方法即可

#1. 检查是否有缺失值

which(is.na(mRNA),arr.ind = T)

#2. 计算行均值并填充

#该数据中探针(基因)为行(名),样本为列(名),(数据框内容为表达量数据值型数据数据)格式可见文章最后

row_mean <- apply(mRNA,1,mean,na.rm =T) #1是行,2是列,若用其他方法修改mean即可

mRNA$MEAN <- row_mean

ncol = 样本数

for (i in 1:nrow(mRNA)) {

  mRNA[i,is.na(mRNA[i,])] <- mRNA[i,ncol]

}