R语言中dnorm, pnorm, qnorm与rnorm以及随机数

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R语言中dnorm, pnorm, qnorm与rnorm以及随机数,第1张

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title: R语言中dnorm, pnorm, qnorm与rnorm以及随机数

date: 2018-09-07 12:02:00

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在R语言中,与正态分布(或者说其它分布)有关的函数有四个,分别为dnorm,pnorm,qnorm和rnorm,其中,dnorm表示密度函数,pnorm表示分布函数,qnorm表示分位数函数,rnorm表示生成随机数的函数。在R中与之类似的函数还有很多,具体的可以通过 help(Distributions) 命令去查看,对于分位数或百分位数的一些介绍可以看这篇笔记 《分位数及其应用》 ,关于正态分布的知识可以看这篇笔记 《正态分布笔记》 。

现在这篇笔记就介绍一下这些函数的区别。

R提供了多种随机数生成器(random number generators, RNG),默认采用的是Mersenne twister方法产生的随机数,该方法是由Makoto Matsumoto和Takuji Nishimura于1997年提出来的,其循环周期是 。R里面还提供了了Wichmann-Hill、Marsaglia-Multicarry、Super-Duper、Knuth-TAOCP-2002、Knuth-TAOCP和L'Ecuyer-CMRG等几种随机数生成方法,可以通过 RNGkind() 函数进行更改,例如,如果要改为WIchmann-Hill方法,就使用如下语句:

在R中使用随机数函数,例如 rnorm() 函数来生成的随机数是不一样的,有时我们在做模拟时,为了比较不同的方法,就需要生成的随机数都一样,即重复生成相同的随机数,此时就可以使用 set.seed() 来设置随机数种子,其参数为整数,如下所示:

dnorm 中的 d 表示 density , norm 表示正态贫,这个函数是正态分布的 概率密度(probability density)函数 。

正态分布的公式如下所示:

给定x,μ和σ后, dnorm() 这个函数返回的就是会返回上面的这个公式的值,这个值就是Z-score,如果是标准正态分布,那么上述的公式就变成了这个样子,如下所示:

现在看一个案例,如下所示:

dnorm(0,mean=0,sd=1) 由于是标准正态分布函数的概率密度,这个命令其实可以直接写为 dnorm(0) 即可,如下所示:

再看一个非标准正态分布的案例,如下所示:

虽然在 dnorm() 中,x是一个概率密度函数(PDF,Probability Density Function)的独立变量,但它也能看作是一组经过Z转换后的一组变量,现在我们看一下使用 dnorm 来绘制一个正态分布的概率密度函数曲线,如下所示:

现在使用 dnorm() 函数计算一下Z_scores的概率密度,如下所示:

现在绘图,如下所示:

从上面的结果可以看出,在每个Z-score处, dnorm 可以绘制出这个Z-score对应的正态分布的pdf的高度。

pnorm 函数中的 p 表示Probability,它的功能是,在正态分布的PDF曲线上,返回从负无穷到 q 的积分,其中这个 q 指的是一个Z-score。现在我们大概就可以猜测出 pnorm(0) 的值是0.5,因为在标准正态分布曲线上,当Z-score等于0时,这个点正好在标准正态分布曲线的正中间,那么从负无穷到0之间的曲线面积就是整个标准正态分布曲线下面积的一半,如下所示:

pnorm 函数还能使用 lower.tail 参数,如果 lower.tail 设置为 FALSE ,那么 pnorm() 函数返回的积分就是从 q 到正无穷区间的PDF下的曲线面积,因此我们就知道了, pnorm(q) 与 1-pnorm(q,lower.tail=FALSE) 的结果是一样的,如下所示:

在计算机出现之前的时代里,统计学家们使用正态分布进行统计时,通常是要查正态分布表的,但是,在计算机时代,通常都不使用正态分布表了,在R中, pnorm() 这个函数完全可以取代正态分布表了,现在我们使用一个Z-scores的向量来计算一下相应的累积概率,如下所示:

以上就是标准正态分布的 累积分布函数(CDF,Cumulative Distribution Function) 曲线。

简单来说, qnorm 是正态分布 累积分布函数(CDF,Cumulative Distribution Function) 的反函数,也就是说它可以视为 pnorm 的反函数,这里的 q 指的是quantile,即分位数。

使用 qnorm 这个函数可以回答这个问题:正态分布中的第p个分位数的Z-score是多少?

现在我们来计算一下,在正态分布分布中,第50百分位数的Z-score是多少,如下所示:

再来看一个案例:在正态分布中,第96个百分位的Z-score是多少,如下所示:

再来看一个案例:在正态分布中,第99个百分位的Z-score是多少,如下所示:

再来看一下 pnorm() 这个函数,如下所示:

从上面我们可以看到, pnorm 这个函数的功能是,我们知道某个Z-score是多少,它位于哪个分位数上。

接着我们进一步举例来说明一下 qnorm 和 pnorm 的具体功能,如下所示:

现在进行绘图,如下所示:

rnomr() 函数的功能用于生成一组符合正态分布的随机数,在学习各种统计学方法时, rnorm 这个函数应该是最常用的,它的参数有 n , mean , sd ,其中n表示生成的随机数,mean与sd分别表示正态分布的均值与标准差,现在举个例子,如下所示:

现在我们绘制一下上面的几个向量的直方图,看一下它们的均值是否在70附近,如下所示:

在R语言中,生成不同分布的各种类型的函数都是以d,p,q,r开头的,使用原理跟上面的正态分布都一样。

sample() 函数是一个用于生成随机数的重要的核心函数,如果仅传递一个数值n给它,就会返回一个从1到n的自然数的排列,如果传递是 n:m 就是生成从n到m的随机数,如是是 7,5 ,则会生成5个小于7的随机数,如下所示:

从上面的结果可以看出来,这些数字都是不同的,也就是说,sample函数默认情况下是不重复抽样,每个值只出现一次,如果允许有重复抽样,需要添加参数 replace = TRUE ,如下所示:

sample函数通常会从某些向量中随机挑一些参数,如下所示:

也可以挑日期,如下所示:

上述分布函数前面加上r,p、q、d就可以表示相应的目的:

在R中,概率函数形如:

[dpqr]distribution_abbreviation

其中第一个字母表示其所指分布的某一方面:

d = 密度函数(density)

p = 分布函数(distribution function)

q = 分位数函数(quantile function)

r = 生成随机数(随机偏差)

以正态分布为例

1 什么是正态分布?

正态分布也被称为高斯分布,是统计学中极为常见的连续型概率分布。正态曲线呈钟型,两头低,中间高,左右对称因其曲线呈钟形,因此人们又经常称之为钟形曲线。

2 正态分布的两个参数及图形

正态分布有两个参数,即均数和标准差。 1)概率密度曲线在均值处达到最大,并且对称; 2)一旦均值和标准差确定,正态分布曲线也就确定; 3)当X的取值向横轴左右两个方向无限延伸时,曲线的两个尾端也无限渐近横轴,理论上永远不会与之相交; 4)正态随机变量在特定区间上的取值概率由正态曲线下的面积给出,而且其曲线下的总面积等于1;

5)均值可取实数轴上的任意数值,决定正态曲线的具体位置;标准差决定曲线的“陡峭”或“扁平”程度:标准差越大,正态曲线越扁平;标准差越小,正态曲线越陡峭。这是因为,标准差越小,意味着大多数变量值离均数的距离越短,因此大多数值都紧密地聚集在均数周围,图形所能覆盖的变量值就少些,于是都挤在一块,图形上呈现瘦高型。相反,标准差越大,数据跨度就比较大,分散程度大,所覆盖的变量值就越多,图形呈现“矮胖型”。

3 标准正态分布

如果不指定一个均值和一个标准差,则函数将假定其为标准正态分布(均值为0,标准差为1)。

4 正态分布的概率函数

概率密度函数为dnorm(),分布函数pnorm(),分位函数qnorm(),随机数生成函数rnorm()。

dnorm(x, mean = 0, sd = 1, log = FALSE)

pnorm(q, mean = 0, sd = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)

qnorm(p, mean = 0, sd = 1, lower.tail = TRUE, log.p = FALSE)

rnorm(n, mean = 0, sd = 1)

x - 是数字的向量。

p - 是概率向量。

n - 是观察次数(样本量)。

mean - 是样本数据的平均值,默认值为零。

sd - 是标准偏差,默认值为1。

pretty()创建美观的分割点。选取n+1等间距的取整数,将连续变量x分割为n个区间。pretty(x,n)

x:它被定义为矢量数据。

n:结果向量的长度。

返回:等长区间的数据向量。

设定随机数种子

set.seed()

该函数是设定生成随机数的种子,种子是为了让结果具有重复性,保证你在执行和调试后,所创造的随机数保持不变。 24

runif(n, min = 0, max = 1)

该函数用于创建均匀分布的随机偏差。n表示观察次数,min和max分别为最小最大值。

其他概率分布见下表。

参考资料:

vector:向量 numeric:数值型向量 logical:逻辑型向量 character;字符型向量 list:列表 data.frame:数据框

c:连接为向量或列表 sequence:等差序列 rep:重复

length:求长度 subset:求子集 seq,from:to, NA:缺失值 NULL:空对象 sort,order,unique,rev:排序 unlist:展平列表 attr,attributes:对象属性

mode,typeof:对象存储模式与类型 names:对象的名字属性

character:字符型向量 nchar:字符数 substr:取子串 format,formatC:把对象用格式转换为字符串 paste,strsplit:连接或拆分

charmatch,pmatch:字符串匹配 grep,sub,gsub:模式匹配与替换

complex,Re,Im,Mod,Arg,Conj:复数函数

factor:因子 codes:因子的编码 levels:因子的各水平的名字 nlevels:因子的水平个数 cut:把数值型对象分区间转换为因子

table:交叉频数表 split:按因子分组 aggregate:计算各数据子集的概括统计量 tapply:对“不规则”数组应用函数

+, -, *, /, ^, %%, %/%:四则运算 ceiling,floor,round,signif,trunc,zapsmall:舍入 max,min,pmax,pmin:最大最小值

range:最大值和最小值 sum,prod:向量元素和,积 cumsum,cumprod,cummax,cummin:累加、累乘 sort:排序 approx和approx fun:插值 diff:差分 sign:符号函数

abs,sqrt:绝对值,平方根 log, exp, log10, log2:对数与指数函数 sin,cos,tan,asin,acos,atan,atan2:三角函数

sinh,cosh,tanh,asinh,acosh,atanh:双曲函数

beta,lbeta,gamma,lgamma,digamma,trigamma,tetragamma,pentagamma,choose ,lchoose:与贝塔函数、伽玛函数、组合数有关的特殊函数

fft,mvfft,convolve:富利叶变换及卷积 polyroot:多项式求根 poly:正交多项式 spline,splinefun:样条差值

besselI,besselK,besselJ,besselY,gammaCody:Bessel函数 deriv:简单表达式的符号微分或算法微分

array:建立数组 matrix:生成矩阵 data.matrix:把数据框转换为数值型矩阵 lower.tri:矩阵的下三角部分 mat.or.vec:生成矩阵或向量 t:矩阵转置

cbind:把列合并为矩阵 rbind:把行合并为矩阵 diag:矩阵对角元素向量或生成对角矩阵 aperm:数组转置 nrow, ncol:计算数组的行数和列数 dim:对象的维向量

dimnames:对象的维名 row/colnames:行名或列名 %*%:矩阵乘法 crossprod:矩阵交叉乘积(内积) outer:数组外积 kronecker:数组的Kronecker积

apply:对数组的某些维应用函数 tapply:对“不规则”数组应用函数 sweep:计算数组的概括统计量 aggregate:计算数据子集的概括统计量 scale:矩阵标准化

matplot:对矩阵各列绘图 cor:相关阵或协差阵 Contrast:对照矩阵 row:矩阵的行下标集 col:求列下标集

solve:解线性方程组或求逆 eigen:矩阵的特征值分解 svd:矩阵的奇异值分解 backsolve:解上三角或下三角方程组 chol:Choleski分解

qr:矩阵的QR分解 chol2inv:由Choleski分解求逆

<,>,<=,>=,==,!=:比较运算符 !,&,&&,|,||,xor():逻辑运算符 logical:生成逻辑向量 all,any:逻辑向量都为真或存在真

ifelse():二者择一 match,%in%:查找 unique:找出互不相同的元素 which:找到真值下标集合 duplicated:找到重复元素

optimize,uniroot,polyroot:一维优化与求根

if,else,ifelse,switch:分支 for,while,repeat,break,next:循环 apply,lapply,sapply,tapply,sweep:替代循环的函数。

function:函数定义 source:调用文件 call:函数调用 .C,.Fortran:调用C或者Fortran子程序的动态链接库。 Recall:递归调用

browser,debug,trace,traceback:程序调试 options:指定系统参数 missing:判断虚参是否有对应实参 nargs:参数个数 stop:终止函数执行

on.exit:指定退出时执行 eval,expression:表达式计算 system.time:表达式计算计时 invisible:使变量不显示 menu:选择菜单(字符列表菜单)

其它与函数有关的还有:delay,delete.response,deparse,do.call,dput,environment ,,formals,format.info,interactive,

is.finite,is.function,is.language,is.recursive ,match.arg,match.call,match.fun,model.extract,name,parse,substitute,sys.parent ,warning,machine

cat,print:显示对象 sink:输出转向到指定文件 dump,save,dput,write:输出对象 scan,read.table,load,dget:读入

ls,objects:显示对象列表 rm, remove:删除对象 q,quit:退出系统 .First,.Last:初始运行函数与退出运行函数。

options:系统选项 ?,help,help.start,apropos:帮助功能 data:列出数据集分析

每一种分布有四个函数:d――density(密度函数),p――分布函数,q――分位数函数,r――随机数函数。

比如,正态分布的这四个函数为dnorm,pnorm,qnorm,rnorm。下面我们列出各分布后缀,前面加前缀d、p、q或r就构成函数名:

norm:正态,t:t分布,f:F分布,chisq:卡方(包括非中心) unif:均匀,exp:指数,weibull:威布尔,gamma:伽玛,beta:贝塔

lnorm:对数正态,logis:逻辑分布,cauchy:柯西, binom:二项分布,geom:几何分布,hyper:超几何,nbinom:负二项,pois:泊松 signrank:符号秩,

wilcox:秩和,tukey:学生化极差

sum, mean, var, sd, min, max, range, median, IQR(四分位间距)等为统计量,sort,order,rank与排序有关,其它还有ave,fivenum,mad,quantile,stem等。

R中已实现的有chisq.test,prop.test,t.test。

cor,cov.wt,var:协方差阵及相关阵计算 biplot,biplot.princomp:多元数据biplot图 cancor:典则相关 princomp:主成分分析 hclust:谱系聚类

kmeans:k-均值聚类 cmdscale:经典多维标度 其它有dist,mahalanobis,cov.rob。

ts:时间序列对象 diff:计算差分 time:时间序列的采样时间 window:时间窗

lm,glm,aov:线性模型、广义线性模型、方差