三层架构是一个分层式的软件体系架构设计，它可适用于任何一个项目。MVC是一个设计模式，它是根据项目的具体需求来决定是否适用于该项目。
那么架构跟设计模式有什么区别呢?我们从接手一个项目开始，首先，我们需要进行架构设计，一般我们采用的就是分层式的架构设计，即我们的三层架构。
然后，在确定了架构以后，我们再根据项目的具体需求去考虑是否需要应用一些设计模式，比如是否应用我们的MVC模式，抽象工厂模式等等。(在这里我们看出，MVC与三层架构不是一个等级的，而与抽象工厂等设计模式才是一路的)
最后，确定了模式以后，就是我们的一些具体的实现了。(当然一个项目不仅仅考虑这些问题，我只是为了说明两者的区别，将其他问题已省略)
其次，它俩划分的层次不同。
三层架构将整个项目划分为：表现层(UI)、业务逻辑层(BLL)、数据访问层(DAL)。MVC即Model(模型)，View(视图)，Controller(控制)。
dao层：dao层叫数据访问层，全称为data access object，属于一种比较底层，比较基础的操作，具体到对于某个表、某个实体的增删改查service层：service层叫服务层，被称为服务，肯定是相比之下比较高层次的一层结构，相当于将几种操作封装起来。
service层要使用接口来定义有以下几点好处：
1、在java中接口是多继承的，而类是单继承的，如果需要一个类实现多个service，用接口可以实现，用类定义service就没那么灵活。
2、要提供不同的数据库的服务时，只需要面对接口用不同的类实现即可，而不用重复地定义类。
3、编程规范问题，接口化的编程为的就是将实现封装起来，然调用者只关心接口不关心实现，也就是“高内聚，低耦合”的思想。
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建议 楼主了解下MVC一般的项目大概分为4层
dao 就是数据操作层
一般放对数据库进行操作的方法,比如查找某条数据
biz 业务处理层
对用户的数据进行业务逻辑处理比如注册时,判断用户注册的用户名是否已存在,如果已存在返回用户错误信息,否则将用户注册的信息写入数据库
servlet 逻辑判断层
对页面的请求响应数据进行逻辑处理,如封装等
jsp 表现层
将程序处理的最终结果显示给用户
他们之间的联系就是,比如注册:
用户在jsp页面进行表单填写,点击提交到一个servlet,servlet将注册信息封装成javaBean交给biz层处理,这时候biz层对javaBean解封将用户注册的用户名提取出来调用dao层的checkUserName()进行判断该用户名是否已存在.如果存在返回一个信息给servlet告知用户该用户名已存在,请重新注册.如果该用户名不存在,说明可注册,biz再调用dao层的savaUser()方法将用户的注册信息写入数据库,返回servlet一个注册成功的信息,最后由servlet将这些处理的最终结果返回给jsp页面给用户.
建议楼主去多看看别人的项目,或者自己写些小项目这样在写程序的过程中能更贴切的理解这些过程存在的意义
总之,分层思想的存在是更方便的管理和维护
